Quan hệ giữa Việt Nam với IMF bước vào một thời kỳ vô cùng khó khăn khi IMF đình chỉ quyền vay vốn của Việt Nam do các khoản nợ quá hạn. Trong thời gian này, dưới sự chỉ đạo của Chính phủ, NHNN đã phối hợp các bộ, ngành liên quan kiên trì các nỗ lực ngoại giao để duy trì quan hệ hội viên tại IMF, tạo tiền đề cho việc nối lại quan hệ tín dụng sau này. Trợ giúp của IMF được thực hiện thông qua các đoàn công tác về kinh tế vĩ mô và hỗ trợ kỹ thuật.
Ðến tháng 10-1993, với nỗ lực to lớn và quyết tâm thực hiện cải cách của Chính phủ Việt Nam cùng với sự vận động dàn xếp tài chính thiện chí của các nhà tài trợ thuộc Câu lạc bộ Paris, quan hệ tín dụng giữa IMF và Việt Nam chính thức được nối lại. Ðây là kết quả của quá trình đàm phán kiên trì của Chính phủ ta với các chính phủ và một số ngân hàng nước ngoài để huy động nguồn tài trợ cho việc trả hết các khoản nợ quá hạn.