Ngành HQ có nhiệm vụ tổ chức thực hiện pháp luật về thuế đối với hàng hóa XK, NK. Các khoản thu thuế XK, NK đóng góp không nhỏ trong cơ cấu nguồn thu cho NSNN. Cùng với tiến trình hội nhập kinh tế toàn cầu, hệ thống chính sách thuế của Việt Nam đã có những cải cách theo hướng khuyến kích đầu tư và tự do hóa thương mại. Nhưng, chính điều này cũng là nguyên nhân dẫn đến suy giảm nguồn thu thuế như: – Thực hiện cắt giảm thuế theo các lộ trình đã cam kết. Thuế suất thuế NK sẽ lần lượt giảm dần theo lộ trình đã cam kết. Đây là nguyên nhân làm giảm khoản thu thuế XNK khi thực hiện các Hiệp định song phương và đa phương. – Thủ tục HQ theo hướng đơn giản, minh bạch, công khai, thời gian thông quan nhanh hơn, như triển khai thực hiện thủ tục HQ điện tử theo mô hình thông quan hàng hóa tự động VNACCS/VCIS. Bên cạnh đó, các chế độ chính sách về miễn, giảm, gia hạn thuế XK, NK để thúc đẩy đầu tư phát triển như miễn thuế đối với hàng hóa gia công, ân hạn thời gian nộp thuế 275 ngày đối với hàng hóa NK để sản xuất hàng XK; Ý thức trong việc chấp hành nghĩa vụ về thuế của đối tượng tham gia vào hoạt động XNK chưa cao, nên luôn tìm cách gian lận, trốn thuế, cũng là nguyên nhân dẫn đến thất thu thuế.