Kho bạc Nhà nước (KBNN) đang đẩy mạnh hoàn thành các nội dung cuối cùng trong Chiến lược phát triển Kho bạc Nhà nước đến năm 2020 hướng đến mục tiêu xây dựng Kho bạc Nhà nước hiện đại, hoạt động an toàn, hiệu quả và phát triển ổn định vững chắc, tiến tới hình thành Kho bạc điện tử. Để triển khai các hoạt động nghiệp vụ chuyên môn đáp ứng yêu cầu mới, mục tiêu mới, Kho bạc Nhà nước cần phải xây dựng và hoàn thiện các công cụ quản lý quỹ ngân sách nhà nước (NSNN), phù hợp với thông lệ quốc tế. Quản lý và kiểm soát rủi ro trong hoạt động nghiệp vụ KSC NSNN của hệ thống KBNN nói chung và KBNN Kon Tum nói riêng trong thời gian qua, chưa được thực hiện một cách có hệ thống, còn thực hiện rời rạc theo từng nội dung cụ thể của các lĩnh vực nghiệp vụ trong từng giai đoạn nhất định, chưa theo kịp với những thay đổi mang tính đột phá của hoạt động nghiệp vụ KBNN, chưa hỗ trợ tốt cho công chức KBNN trong thực thi nhiệm vụ kiểm soát chi NSNN. Vì vậy rủi ro trong hoạt động kiểm soát chi NSNN qua KBNN trong toàn hệ thống chưa được kiểm soát triệt để và có xu hướng các tồn tại, sai sót, vi phạm vẫn bị lặp đi lặp lại, chưa khắc phục kịp thời, triệt để. Rủi ro pháp lý đối với công chức làm nhiệm vụ Kiểm soát chi thuộc hệ thống KBNN có chiều hướng gia tăng.