Việc tạo ra những giống lúa có kiểu hình bộ rễ phù hợp, giúp cây lúa tăng khả năng chống chịu với các stress phi sinh học nhằm đáp ứng với biến đổi khí hậu là trọng tâm của nhiều chương trình nghiên cứu cải tiến giống lúa hiện nay. Hạn chế về khả năng quan sát trực tiếp bộ rễ là khó khăn lớn nhất khiến những kết quả liên quan đến chọn tạo giống lúa có bộ rễ thích nghi tốt vẫn ít được công bố. Phát triển các công cụ hỗ trợ, phục vụ cho phương pháp chọn lọc phân tử để ứng dụng vào các chương trình chọn tạo giống cải tiến bộ rễ lúa hiện nay là rất cần thiết. Đặc biệt, những hiểu biết về các yếu tố di truyền có liên quan đến các đặc điểm phát triển và thích nghi của bộ rễ lúa là chìa khóa quan trọng trong hướng nghiên cứu này. Nhiều phương pháp khác nhau đã được sử dụng để khám phá các yếu tố di truyền liên quan đến bộ rễ trong đó phương pháp xác định các QTLs là một phương pháp có tiềm năng và hiệu quả. Sự xuất hiện của phương pháp GWAS (Genome–wide Association Mapping) (Nordborg and Weigel, 2008) và thành công của phương pháp này ở thực vật (Atwell et al., 2010), đặc biệt là ở lúa (Clark et al., 2013; Courtois et al., 2013) cho thấy GWAS là một công cụ mới hữu hiệu trong nghiên cứu xác định QTLs ở lúa và ở thực vật nói chung. Độ phân giải cao của các QTLs khi áp dụng phương pháp GWAS giúp rút ngắn thời gian nghiên cứu và có thể trực tiếp xác định được các gen ứng viên liên quan đến tính trạng quan tâm (Zhu et al., 2008). Các nghiên cứu GWAS hiện nay mới chỉ khai thác được một phần rất nhỏ nguồn gen lúa trên thế giới và các tính trạng quan tâm.