Bệnh gỉ sắt do nấm Phakopsora pachyrhizi Sydow gây ra, là một trong những bệnh hại chính trên cây đậu tương, làm giảm nghiêm trọng đến năng suất ở nhiều nước châu Á trong đó có Việt Nam (Nguyễn Thị Bình và cs., 2007). Để phòng chống bệnh có nhiều biện pháp khác nhau, trong đó chọn tạo và trồng giống kháng bệnh mang lại hiệu quả kinh tế cao, không gây ô nhiễm môi trường, tạo nông sản sạch. Hiện nay, các nhà khoa học đã phát hiện có 7 gen kháng bệnh, được ký hiệu lần lượt là Rpp1, Rpp2, Rpp3, Rpp4, Rpp5, Rpp6 và Rpp1b (Bromfield and Hartwig, 1980; McLean and Byth, 1980; Bromfield and Melching, 1982; Hartwig and Bromfield, 1983; Hartwig, 1996; Garcia et al., 2008; Li et al., 2012; Hossain et al., 2014). Phần lớn các gen kháng này cũng đã được lập bản đồ và xác định các chỉ thị phân tử ADN liên kết. Theo đó, gen kháng Rpp1 được xác định nằm trên nhiễm sắc thể (NST) số 18 và liên kết với 2 chỉ thị Sct_187 và Sat_064 với khoảng cách di truyền là 0,4 cM (Hyten et al., 2007); Rpp2 nằm trên NST số 16, liên kết với chỉ thị Sat_255, Satt620 và Satt215 với khoảng cách di truyền lần lượt là 8,1 cM, 4,3 cM và 4,3 cM (Abdelnoor et al., 2007); Rpp3 nằm trên NST số 6, liên kết với các chỉ thị Satt460, Sat_263 và Sat_251 với khoảng cách di truyền lần lượt là 0,5 cM, 0,9 cM và 4,1 cM (David et al., 2009); Rpp4 trên NST số 18, liên kết với chỉ thị Satt288 và Sat_191 với khoảng cách di truyền là 1,19 cM và 6,24 cM (Abdelnoor et al., 2007) và gen kháng Rpp5 nằm trên NST số 3, liên kết với chỉ thị Sat_275 và Sat_280 với khoảng cách di truyền là 4,6 cM và 6,3 cM (Gacia et al., 2008; Khanh et al., 2013). Tuy nhiên, vì mỗi tác giả sử dụng những vật liệu mẫu giống để xác định chỉ thị phân tử liên kết có khác nhau nên khoảng cách di truyền mỗi chỉ thị với mỗi gen cũng có thể khác nhau. Ngoài ra, khoảng cách di truyền của gen có thể thay đổi theo từng genome, đồng thời khi áp dụng trong chọn giống phân tử còn tùy thuộc vào loại chỉ thị và điều kiện cơ sở vật chất. Vì thế, trước khi tiến hành chọn giống phân tử nói chung và chọn giống kháng bệnh gỉ sắt nói riêng thì cần phải lựa chọn được những chỉ thị có liên kết chặt với gen kháng hữu hiệu với các chủng nấm bệnh quan tâm và là loại chỉ thị dễ thực hiện.