Các thuốc tác động đến hệ miễn dịch là các thuốc rất có giá trị cả khi kích thích hệ miễn dịch hay ức chế hệ miễn dịch hoặc cả điều hòa miễn dịch. Với hoạt tính kích thích hệ miễn dịch, chúng tăng sức đề kháng của cơ thể và với hoạt tính ức chế miễn dịch chúng làm cơ thể thích nghi dần với môi trường sống. Các thuốc kích thích miễn dịch được sử dụng trong phòng và điều trị nhiễm virus như HIV, viêm gan B, viêm phổi, lao, cúm gà (Ví dụ các interferon alpha, beta và gamma .). Các thuốc ức chế miễn dịch được sử dụng sau phẫu thuật để tránh sự đào thải cơ quan ghép như: gan, thận, da, xương , và được dùng để điều trị các bệnh do sự quá mẫn của hệ miễn dịch như bệnh nhược cơ, luput ban đỏ, thấp khớp thể nhẹ, tiểu đường (ví dụ cyclosporine, prednisone, azathioprin ).