Luật sửa đổi bổ sung một số điều của Luật Hải quan được Quốc hội nước Cộng hoà XHCN Việt Nam thông qua ngày 14/06/2005 và có hiệu lực từ ngày 01/01/2006. Theo quy định mới, phương pháp quản lý nhà nước về hải quan được thay đổi một cách căn bản. Công tác kiểm tra giám sát hải quan dựa vào phương pháp quản lý rủi ro, chuyển dần từ “Tiền kiểm” sang “Hậu kiểm”. Chính sự đổi mới này đã khẳng định rõ nét vai trò vị trí của công tác kiểm tra sau thông quan (KTSTQ), đồng thời tạo ra những thách thức lớn cho công tác KTSTQ để đáp ứng được các nhiệm vụ, yêu cầu quản lý ngày càng cao. Cơ hội để khẳng định, nâng cao vai trò vị thế của mình là ở chỗ – việc tăng cường công tác KTSTQ đã trở thành yêu cầu cấp thiết, bắt buộc và tất yếu của toàn ngành hải quan trong giai đoạn trước mắt, nhằm từng bước đưa hoạt động này đi vào nề nếp, hoạt động vững chắc, đảm bảo thực hiện đúng Luật Hải quan (SĐBS), tạo thông thoáng cho hoạt động của doanh nghiệp kinh doanh xuất nhập khẩu, đầu tư, phù hợp với xu thế đơn giản hoá, hài hoà hoá và hiện đại hoá TTHQ, xu thế hội nhập kinh tế quốc tế, nhưng vẫn đảm bảo quản lý nhà nước về hải quan. Thách thức là ở chỗ: khi nhiệm vụ được mở rộng, tăng cường, phức tạp hơn. đòi hỏi phải có được trước hết là một đội ngũ cán bộ làm công tác KTSTQ có đủ năng lực, trình độ, nghiệp vụ đáp ứng yêu cầu của hoạt động KTSTQ; một hệ thống các UBPL rõ ràng, minh bạch, khả thi làm hành lang pháp lý cho hoạt động KTSTQ được thực hiện một cách chính xác, một cơ chế phối hợp thực hiện hiệu quả giữa các cơ quan trong và ngoài ngành với lực lượng KTSTQ.
Tuy nhiên, nhìn lại chặng đường phát triển của công tác KTSTQ từ trước khi có Luật Hải quan và ngay cả khi Luật Hải quan (SĐBS) có hiệu lực, nhìn chung công tác KTSTQ triển khai vẫn còn chậm, chưa có những chuyển biến rõ rệt và chưa thực sự hiệu quả. Thực trạng này là do cả nguyên nhân khách quan lẫn nguyên nhân chủ quan cần phải tiếp tục nghiên cứu, tháo gỡ trong thời gian tới.