Luận văn Xây dựng cơ sở dữ liệu ssrs (simple sequence repeats) từ ests (expressed sequence tags) của cây dứa (ananas comosus)

  • Người chia sẻ :
  • Số trang : 83 trang
  • Lượt xem : 7
  • Lượt tải : 500
  • Tất cả luận văn được sưu tầm từ nhiều nguồn, chúng tôi không chịu trách nhiệm bản quyền nếu bạn sử dụng vào mục đích thương mại

NHẬP MÃ XÁC NHẬN ĐỂ TẢI LUẬN VĂN NÀY

Nếu bạn thấy thông báo hết nhiệm vụ vui lòng tải lại trang

Bạn đang xem trước 20 trang tài liệu Luận văn Xây dựng cơ sở dữ liệu ssrs (simple sequence repeats) từ ests (expressed sequence tags) của cây dứa (ananas comosus), để xem tài liệu hoàn chỉnh bạn click vào nút DOWNLOAD LUẬN VĂN ở trên

Khóa luận được thực hiện tại bộ môn Công Nghệ Sinh Học, trường đại học Nông Lâm TP. Hồ Chí Minh, trong khoảng thời gian từ tháng 3/2006 đến 8/2006. Trong những năm qua sinh học không ngừng phát triển, đã tạo ra những kho dữ liệu rất lớn về trình tự gene, protein,. của thực vật, động vật, Và với các thành tựu vốn có của công nghệ thông tin, những trình tự gene này đã và đang được lưu trữ trong cơ sở dữ liệu sinh học lớn như NCBI, EMBL, DDBj, Vì các cơ sở dữ liệu này quá lớn và chứa rất nhiều thông tin khác nhau, không tập trung thành từng gene cụ thể nên khó có thể thực hiện việc truy xuất các thông tin phục vụ trực tiếp cho một nghiên cứu chuyên biệt, trong đó có phương pháp microsatellite. Do vậy, mục tiêu của chúng tôi là tiến hành xây dựng cơ sở dữ liệu SSRs từ ESTs của cây dứa Ananas comosus được lấy ở cơ sở dữ liệu sinh học NCBI. Để đạt được mục tiêu trên, khóa luận cần đảm bảo thực hiện nội dung như sau:  Dùng Perl script để thu nhận trình tự các nucleotide của gene từ trang cơ sở dữ liệu GenBank NCBI.  Tìm và tách các đoạn microsatellite có thể có trong mỗi đoạn gen.  Tìm hiểu về mô hình dữ liệu quan hệ, sử dụng mô hình này vào việc lưu trữ dữ liệu các trình tự nucleotide và trình tự SSRs của Ananas comosus, và tạo cơ sở dữ liệu chứa những trình tự này. Sau đó chuyển các dữ liệu này vào cơ sở dữ liệu chính.