Từ cổ xưa, mặc dầu chưa nhận thức được sự tồn tại của vi sinh vật, nhưng loài người đã biết khá nhiều về các tác dụng do vi sinh vật gây nên. Trong sản xuất và trong đời sống, con người đã tích lũy được nhiều kinh nghiệm về các biện pháp lợi dụng các vi sinh vật có ích và phòng tránh các vi sinh vật có hại. Trên những vật giử lại từ thời cổ Hy Lạp, người ta đã thấy minh họa cả quá trình nấu rượu. Những tài liệu khảo cổ chu biết cách đây trên 6000 năm, người dân Ai Cập ở dọc sông Nile đã có tập quán nấu rượu. Ở Trung Quốc rượu đã được sản xuất từ thời đại văn hóa Long Sơn (cách đây trên 4000 năm ) . Việc lên men lactic (muối dưa ) được thực hiện từ những năm 3500 năm trước công nguyên. Muối dưa , làm dấm, làm tương v.v. đều là những biện pháp hữu hiệu để hoặc sử dụng hoặc khống chế vi sinh vật phục vụ cho việc chế biến và bảo quản thực phẩm. Việc sáng tạo ra các hình thức ủ phân, ngâm phân, ngâm gai, xếp ải, trồng luân canh với cây họ đậu. đều là những biện pháp tài tình mà tổ tiên ta từ lâu đã biết phát huy tác dụng của vi sinh vật trong nông nghiệp. Người có công phát hiện ra thế giới vi sinh vật và cũng là người đầu tiên miêu tả hình thái nhiều loại vi sinh vật là một người Hà Lan, vốn là một người học nghề trong một hiệu buôn vải. Đó là Antonie van Leeuwenhoek (1632 – 1723). Ông đã tự chế ra trên 400 kính hiển vi, trong đó có cái phóng đại được đến 270 lần. Năm 1670 ông nhìn thấy các vi khuẩn và động vật nguyên sinh ông gọi là các “động vật vô cùng nhỏ bé”. Qua đó ông đã miêu tả hình thái và dạng chuyển động của nhiều loại vi sinh vật. Nhiều bài báo của ông đã được công bố trên tạp chí Triết học của học hội hoàng gia Anh và năm 1680 ông được bầu làm thành viên của học hội này Từ thập kỉ 60 của thế kỉ 19 bắt đầu thời kì nghiên cứu về sinh lí học của các vi sinh vật. Người có công lớn trong việc này, người về sau được coi là ông tổ của vi sinh vật học là nhà khoa học người Pháp Louis Pasteur (1822 – 1895). Khó mà tóm tắt được khối lượng các phát hiện đồ sộ mà Luis Pasteur đã cống hiến cho nhân loại.