Phát triển giáo dục và đào tạo cùng với khoa học và công nghệ được xác định là quốc sách hàng đầu, đầu tư cho giáo dục là đầu tư cho phát triển. Trong những năm qua, mặc dù điều kiện đất nước và ngân sách nhà nước còn nhiều khó khăn, Nhà nước vẫn quan tâm dành một tỷ lệ ngân sách đáng kể để đầu tư cho giáo dục. Với nguồn ngân sách đó, lĩnh vực giáo dục và đào tạo đã đạt được những kết quả đáng khích lệ. Tuy nhiên, trên thực tế cũng tồn tại nhiều bất cập như: quản lý ngân sách giáo dục rất phân tán, mức chi đầu tư xây dựng cơ bản còn rất thấp so với nhu cầu, định mức phân bổ ngân sách chưa gắn chặt với các tiêu chí đảm bảo chất lượng đào tạo, chế độ học phí còn thấp không phù hợp với mặt bằng giá cả, việc quản lý các nguồn thu tại các cơ sở giáo dục còn chưa được kiểm soát. Cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm về nhiệm vụ, tổ chức bộ máy và tài chính trong các cơ sở giáo dục công lập nhìn chung còn nhiều hạn chế về tác dụng Năm 2012, NSNN dành cho giáo dục tăng 5,4% so với năm 2011 đạt 5.762 tỷ đồng. Riêng dự toán chi thường xuyên là 4.832 tỷ đồng tăng 15% sơ với năm 2011, chi đầu tư phát triển là 929 tỷ đồng tăng 3,5% so với năm 2011. Năm 2012 là năm thứ 2 việc phân bổ ngân sách chi thường xuyên được thực hiện trên nguyên tắc tự chủ, tự chịu trách nhiệm về tài chính. Việc tự chủ tự chịu trách nhiệm về tài chính mới chỉ giao quyền tự chủ về nội dung chi nhưng mức thu vẫn phải thực hiện theo quy định chung, do đó các đơn vị được giao vẫn gặp khó khăn về tổng kinh phí hoạt động. Nghị định 10/2002/NĐ-CP và sau này Nghị định số 43/2006/NĐ-CP ngày 25/4/2006 của Chính phủ quy định quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập và Thông tư số 71/2006/TT-BTC ngày 09/8/2006 hướng dẫn thực hiện Nghị định 43/2006/NĐ-CP ra đời, đã tạo ra những chuyển biến tích cực trong công tác quản lý tài chính của các đơn vị sự nghiệp có thu, chuyển đổi cơ chế tài chính của các cơ sở giáo dục – đào tạo theo hướng tự chủ, lấy nguồn thu sự nghiệp để bù đắp chi phí cho đơn vị, tăng thu nhập cho người lao động, giảm bớt gánh nặng cho ngân sách nhà nước. Những thay đổi căn bản trong cơ chế quản lý tài chính đối với các đơn vị sự nghiệp có thu trong chương trình nghị sự cải cách tài chính công. Đó là: Thứ nhất, thay cho việc cấp kinh phí theo số lượng biên chế như hiện nay bằng việc tính toán kinh phí căn cứ vào kết quả và chất lượng hoạt động, hướng vào kiểm soát đầu ra, chất lượng chi tiêu theo mục tiêu cho đơn giản hơn, tăng quyền chủ động cho đơn vị sử dụng ngân sách.