Tuy nhiên, các mô hình sản xuất công nông nghiệp tại Tây Bắc, điển hình tại tỉnh Sơn La, còn nhiều vấn đề mà một phần nguyên nhân lớn xuất phát từ TCKG Khu, Cụm, Tổ hợp công nông nghiệp (mục 1.3.2) và kiến trúc CSSX CNN (mục 1.3.3). Trong đó, các vấn đề cần đặc biệt quan tâm giải quyết:
+ Việc gắn kết giữa nguồn nguyên liệu nông sản với các CSSX công nghiệp hỗ trợ sản xuất, chế biến lỏng lẻo. Nguồn nguyên liệu nông sản bán thô sau thu hoạch chiếm tỷ trong lớn, lãng phí giá trị sản phẩm. Số lượng, quy mô các CSSX công nghiệp (hỗ trợ, chế biến) chưa đáp ứng đủ nhu cầu sản xuất; đa số quy mô nhỏ, công nghệ lạc hậu, kém hiệu quả, vị trí tự phát phân tán giữa khu dân cư gây ô nhiễm môi trường.
+ Các CSSX công nghiệp (quy mô trung bình và lớn) có nhu cầu cao về không gian hoạt động sản xuất đảm bảo các yếu tố hạ tầng kỹ thuật & xã hội. Về phía Nhà nước và chính quyền địa phương cũng định hướng tổ chức phát triển các KCN, CCN tập trung các CSSX. Tuy nhiên, cung và cầu không gặp nhau, dẫn tới các CSSX tự phát đầu tư xây dựng, vận hành tại các vị trí không quy hoạch; trong khi các KCN, CCN thiếu nguồn lực đầu tư, hầu hết đều nằm trên giấy, triển khai chậm chạp.
+ Các CSSX nông nghiệp mới (quy mô trung bình và lớn) chưa có địa điểm sản xuất tập trung, hoạt động đơn lẻ, lãng phí nguồn lực, đồng thời gây ô nhiễm môi trường.
* Nhìn tổng quan bức tranh nghiên cứu, phát triển các KCNN trên thế giới và Việt Nam, mô hình KCNN với chức năng kết hợp các CSSX công nghiệp với nông nghiệp; phát huy được ưu thế sản xuất tập trung, sản xuất liên ngành; giải quyết được các vấn đề nội tại của mạng lưới sản xuất công nông nghiệp vùng Tây Bắc.