Để đảm bảo được mục tiêu quản lý hóa đơn điện tử đã đề ra, trong công tác quản lý cần phải tuân thủ các nguyên tắc cơ bản của quản lý hóa đơn sau Ngu yên tắc thống nhất : Quản lý hóa đơn đảm bảo tính thống nhất vì hóa đơn có liên quan đến lợi ích của nhiều chủ thể trong nền kinh tế, liên quan đến xác định nghĩa vụ của người mua và người bán. Bên cạnh đó quản lý hóa đơn đảm bảo khả năng so sánh, đối chiếu , kiểm tra tình hình quản lý sử dụng hóa đơn , đồng thời tạo cơ sở để thực hiện nguyên tắc thống nhất của kế toán . Quản lý hóa đơn tạo điều kiện ứng dụng công nghệ thông tin vào quá trình quản lý hóa đơn của cơ quan quản lý nhà nước và quá trình quản lý, sử dụng hóa đơn của chủ thê trong nền kinh tế. Nguyên tắc thống nhất trong quản lý hóa đơn cần đáp ứng các yêu cầu: phải có cơ quan nhà nước chịu trách nhiệm quản lý thống nhất về hóa đơn toàn quốc, những nội dung bắt buộc của hóa đơn phải được quy định thốn g nhất và các trình tự thủ tục hành chính mà chủ thể sử dụng hóa đơn phải thực hiện phải được quy định và tổ chức thực hiện thống nhất Nguyên tắc tuân thủ pháp luật : bởi quản lý hóa đơn điện tử là một trong các lĩnh vực quản lý nhà nước về kinh tế. Mọi mối quan hệ liên quan đến quá trình quản lý sử dụng hóa đơn phải được quy định trong văn bản quy phạm p háp luật và không được vi hiến đồng thời quá trình tổ chức thực hiện phải trên tinh thần thượng tôn pháp luật Nguyên tắc công khai, minh bạch : đây là nguyê n tắc tất yếu trong quản lý nhà nước nói chung cũng như quản lý hóa đơn nói riêng. Đây là cơ sở để tổ chức, cá nhân trong xã hội hiểu và thực hiện đúng quy định của pháp luật về hóa đơn và quản lý hóa đơn đồng thời cũng là cơ sở để công dân giám sát hóa đ ơn của cơ quan q uản lý hóa đơn và giám sát sự tuân thủ chế đ ộ hóa đơn của tổ chức cá nhân trong xã hội. Từ đó có thể ngăn ngừa mọi hành vi nhũng nhiễu của công chức thực thi nhiệm vụ quản lý hóa đơn , từ đó, nâng cao hiệu lực, hiệu quả của quản lý nhà nước về hóa đơn và tạo môi trường kinh doanh lành mạnh. Nguyên tắc này đ òi hỏi các quy định về pháp luật hóa đơn phải rõ ràng, dễ hiểu và nhất quán đồng thời phải đảm bảo và nhất quán đồng thời phải đảm bảo mọi quy định pháp luật về mọi quy định pháp luật về hóa đơnhóa đơn phải phải được công bố công khai trên các phương tiện truyềnđƣợc công bố công khai trên các phƣơng tiện truyền thông, cácthông, các thủ tục về quản thủ tục về quản lý lý hóa đơnhóa đơn phápháp được công bố công khai, các thông tin khác về p đƣợc công bố công khai, các thông tin khác về hóa đơnhóa đơn có liên có liên quan đến lợi ích hợp pháp của tổ chức, cá nhân trong nền kinh tế phải được công quan đến lợi ích hợp pháp của tổ chức, cá nhân trong nền kinh tế phải đƣợc công bố công khai nhưng không làm ảnh hưởng đến quyền giữ bí mật kinh doanhbố công khai nhƣng không làm ảnh hƣởng đến quyền giữ bí mật kinh doanh và và quyền giữ bí mật đời tư của công dân.quyền giữ bí mật đời tƣ của công dân.