Về việc trao quyền tự chủ cho các trường đại học, chủ yếu trao quyền tự chủ cho các trường đại học công lập là xu thế tất yếu để phát triển giáo dục và hội nhập với quốc tế. Giao quyền cho các trường đại học công lập là một xu thế tất yếu bởi 3 lý do chính sau đây [15]: Thứ nhất, vì phải đáp ứng các quy luật giá trị và quy luật cạnh tranh của nền kinh tế thị trường. Thứ hai, để có sản phẩm đa dạng, có phổ chất lượng phù hợp, nhằm đáp ứng với mọi nhu cầu của thị trường. Thứ ba, vì không còn được bao cấp nguồn lực hoàn toàn. Thứ tư, để các trường chủ động trong việc nâng cao không ngừng chất lượng, hiệu quả và hiệu suất của mình. Tuy nhiên, cũng cần nhìn nhận rằng, giáo dục đại học được hiểu đó là một dịch vụ công phục vụ cho lợi ích cộng đồng mà trước hết là quyền lợi người học và người dạy. Đồng thời cơ chế tự chủ đại học vẫn đặt dưới sự giám sát của nhà nước thông qua việc cấp ngân sách, tài trợ học bổng, chính sách mục tiêu phát triển giáo dục đại học cũng như công tác kiểm định chất lượng giáo dục. Do đó về nguyên tắc quản lý nhà nước đối với các trường đại học công lập và tư thục là như nhau. Điểm khác biệt rõ nét nhất đó chính là gốc sở hữu của trường đại học công lập là cơ quan quản lý nhà nước (cơ quan chủ quan), do đó việc thực hiện quản lý tự chủ của các trường này có nhiều rào cản mang tính thủ tục hơn các trường đại học tư thục. Vấn đề thiết yếu là tự chủ nên được xem như là một con đường để tìm kiếm phương cách thúc đẩy sự xuất sắc trong học thuật, trong quản lý tài chính, và trong quản trị của các trường. Đi chệch ra khỏi quỹ đạo đó, có thể kết luận một cách chắc chắn rằng tự chủ đã được sử dụng một cách sai lầm. Tự chủ trong học thuật là sự tự do của trường đại học trong việc quyết định những vấn đề thuộc về học thuật như là chương trình, tài liệu giảng dạy, phương pháp sư phạm, kỹ thuật đánh giá thành quả học tập của sinh viên. Tự chủ trong quản trị là sự tự do của cơ sở đào tạo trong việc sắp xếp và tổ chức các sự kiện, các mối quan hệ liên quan đến công việc lập kế hoạch, tổ chức và điều phối. Sự tự do trong công việc như vậy sẽ thúc đẩy sự năng động và sự phát triển của từng cá nhân và kéo theo đó là sự vững mạnh của trường đại học. Sự tự chủ về tài chính là sự tự do của cơ sở đào tạo trong việc sử dụng các nguồn lực tài chính theo chiến lược ưu tiên mà mình lựa chọn. Tự chủ và tự chịu trách nhiệm là hai mặt của một vấn đề duy nhất. Trách nhiệm giải trình khiến các trường đại học phải điều chỉnh sự tự do đã được trao cho họ theo con đường của sự tự chủ [14].