Thổ nhưỡng Tỉnh Phú Yên có tổng diện tích tự nhiên 504.500 ha, trong đó đất có địa hình tương đối bằng phẳng chiếm 14%. Đất đai Phú Yên được hình thành trên mẫu đất phù sa và ba loại đá chính là: Granit, Ba Zan, trầm tích, bao gồm các nhóm phổ biến: Nhóm đất đỏ vàng chiếm diện tích khá lớn khoảng 327.925 ha, chiếm 65% diện tích tự nhiên, đây là nhóm đất có độ dốc lớn, độ phì thấp, tầng canh tác mỏng. Nhóm đất phù sa bao gồm đất trong thung lũng dốc tụ 56.998 ha, chiếm khoảng 11,3% diện tích tự nhiên. Nhóm đất xám 34.810 ha, chiếm 6,9% diện tích tự nhiên, đất có độ phì thấp, nghèo mùn. Nhóm đất đen 17.658 ha, chiếm 3,5% diện tích đất tự nhiên. Nhóm đất mùn vàng đỏ 11.099 ha, chiếm 2,2% diện tích đất tự nhiên, phân bố chủ yếu trên núi cao, độ dốc lớn. Các nhóm đất cần được cải tạo bao gồm: đất cát ven biển 15.009 ha, chiếm 2,97% diện tích tự nhiên, thành phần cơ giới chủ yếu là cát, khả năng giữ nước và dinh dưỡng kém, độ phì nhiêu thấp; đất mặn, phèn 7.899 ha, chiếm 1,5% diện tích tự nhiên. Nhóm đất còn lại là đất phong hóa dở dang và đất khác [33]. Khí hậu Phú Yên là tỉnh Duyên hải Nam Trung Bộ, nằm sâu trong khu vực nội chí tuyến nên độ dài ban ngày thường dao động khoảng 11-13 giờ, thuộc miền khí hậu nhiệt đới gió mùa. Chế độ gió ở Phú Yên liên quan mật thiết với điều kiện hoàn lưu khí quyển vùng nhiệt đới, chịu tác động thường xuyên của áp cao cận nhiệt đới Thái Bình Dương ở tầng thấp luồng không khí có hướng chủ yếu Đông Bắc di chuyển khá ổn định, tầng cao không khí di chuyển chủ yếu hướng Tây Nam. Phú Yên có hai mùa trong năm và chế độ gió ảnh hưởng nhiều bởi địa hình của các dãy núi nên chế độ gió trong cùng một mùa hoặc từng thời điểm ở các vùng có thể khác nhau. Nhiệt độ trung bình hàng năm của tỉnh từ 19 – 35,60C, trung bình hàng năm có từ 60-90 ngày có nhiệt độ trên 350C. Lượng mưa trung bình toàn tỉnh năm 2011 là 1.980 mm và lượng mưa có xu hướng tăng dần vào những năm sau này [33].