Tỷ lệ vốn đầu tư cho nông nghiệp còn rất thấp trong tổng mức vốn đầu tư của toàn thành phố, trong khi đó ngân sách nhà nước vẫn chiếm tỷ trọng lớn, cơ cấu đầu tư bất hợp lý, dàn trải, kéo dài. Do đó, thời gian tới, cần tập trung chuyển từ đầu tư dàn trải sang đầu tư vào những ngành có thế mạnh như, giảm đầu tư cho trồng trọt, tăng đầu tư cho chăn nuôi và nuôi trồng thủy sản; giảm tỷ trọng đầu tư cho thủy lợi, tăng đầu tư cho khuyến nông. Trong đầu tư cho ngành nông nghiệp thì đầu tư cho ngành chăn nuôi chiếm khoảng 41% (gần 2,1 nghìn tỷ đồng). Trong đầu tư cho ngành chăn nuôi thì đầu tư để xây dựng cơ sở hạ tầng phục vụ phát triển chăn nuôi là gần 1 nghìn tỷ đồng. Đầu tư cho ngành CNGC là hơn 321 tỷ đồng vào năm 2021, tăng khoảng 11%/năm trong giai đoạn 2017 – 2021 (cao hơn mức bình quân chung của ngành nông nghiệp và toàn ngành chăn nuôi (bảng 4.1). Trong tổng vốn đầu tư cho CNGC thì thành phố đã dành hơn 50% đầu tư chuyển giao các tiến bộ khoa học kỹ thuật cho các cơ sở chăn nuôi; khoảng 37% đầu tư xây dựng cở sở vật chất kỹ thuật cho các cơ sở chăn nuôi. Về nguồn vốn đầu tư, vốn từ ngân sách nhà nước là chủ yếu chiếm khoảng 66%; từ các chương trình dự án là khoảng 33%. Nhưng, tỷ lệ đầu tư cho ngành CNGC vẫn chiếm tỷ lệ thấp trong vốn đầu tư cho ngành chăn nuôi (chiếm khoảng 15%). Điều này cho thấy, mặc dù có tiềm năng, có đóng góp lớn trong cung cấp thực phẩm cho thành phố nhưng chưa được đầu tư đúng mức. Theo như đánh giá của một số nhà quản lý khảo sát thì mức độ đầu tư cho CNGC chưa đáp ứng được nhu cầu thực tế.