Nguồn tài nguyên di truyền thực vật đóng một vai trò quan trọng đối với sản
xuất nông nghiệp theo hướng đa dạng hóa, hiện đại hóa Trong công tác khai thác
và sử dụng bền vững tài nguyên di truyền thực vật, việc đánh giá đặc điểm kiểu
gene là công đoạn vô cùng quan trọng không chỉ phục vụ cho việc xác định, phân
biệt các giống/loài khác nhau mà còn giúp tìm hiểu mối quan hệ di truyền của
chúng. Sự phát triển mạnh mẽ của các phương pháp và kỹ thuật sinh học phân tử đã
tạo ra các công cụ hữu hiệu và nhanh chóng được ứng dụng trong nghiên cứu đa
dạng di truyền về kiểu gene, nhằm khắc phục nhược điểm của phương pháp đánh
giá sự đa dạng di truyền dựa vào kiểu hình [14], [15]. Hiện nay, phương pháp sử
dụng chỉ thị phân tử trong việc định danh và nghiên cứu di truyền ngày càng được
sử dụng phổ biến. Trong đó, sử dụng vùng gene chỉ thị DNA barcode là một công
cụ mới, đang được ứng dụng rộng rãi trên thế giới, dựa trên sự tiến hóa và sự khác
biệt trình tự của các nucleotide cho phép phân loại và xác định mối quan hệ di
truyền giữa các giống/loài khác nhau. Kết quả nghiên cứu từ các công cụ này đã
góp phần vào công tác đánh giá nguồn gene, tuyển chọn giống tiêu biểu để nghiên
cứu khai thác giá trị kinh tế và sử dụng bền vững các nguồn gene có giá trị, các
giống cây trồng quý, đặc hữu của Việt Nam [52], [158].
Nelumbo nucifera Gaertn. (N. nucifera) là loài sen thuộc nhóm thực vật thủy
sinh lâu năm sống trong các ao hồ, đầm lầy, được trồng ở nhiều nơi trên thế giới
[93]. Loài sen này rất được chú trọng phát triển ở nước ta trong những năm gần đây.
Ở Việt Nam loài sen N. nucifera được phân bố rộng rãi khắp mọi nơi và được trồng
trên các hệ thống ao hồ và trên đất ruộng. Các tỉnh trồng nhiều sen phổ biến ở nước
ta là Bắc Ninh, Bắc Giang, Hà Nội, Thanh Hóa, Thừa Thiên Huế, Nghệ An và khu
vực Đồng bằng Sông Cửu Long như Đồng tháp, An Giang, Sóc Trăng, Long
An.[9]. Ở Thừa Thiên Huế, hiện nay có nhiều giống sen màu sắc hoa khác nhau
đang được trồng tại nhiều nơi ở các khu vực ngoại thành và nội thành. Trong các
giống sen trồng ở Huế thì Sen Trắng Trẹt Lõm là giống sen Huế bản địa xưa, được
biết đến như một giống sen cung đình rất nổi tiếng, đã được trồng từ xa xưa trên các
hồ sen của khu vực nội thành, hồ lăng tẩm và các hồ sen thuộc vùng di tích của Cố
đô Huế. Đây là giống sen đặc trưng ở Huế cho hạt nhiều nhưng nhỏ, thơm ngon,
dẻo ăn bùi không bở, chất lượng và giá thành cao hơn nhiều so với các giống sen
khác đang được trồng ở Huế. Giống sen này có hương thơm dịu dàng, hoa trắng
thanh khiết, củ và hạt sen có hương vị và chất lượng đặt biệt, mang thương hiệu
“sen Huế”, rất được du khách ưa chuộng [19].