Mục tiêu của nghiên cứu là xác định hiện trạng chất lượng nước, đặc điểm môi trường sống và tính đa dạng thành phần ĐVKXSCL nhằm phát triển phương pháp quan trắc sinh học trong đánh giá chất lượng nước trên sông Hậu. Nghiên cứu được thực hiện qua việc thu mẫu vào 4 thời điểm trong năm bao gồm mùa mưa (tháng 6/2013 và tháng 9/2013) và mùa khô (tháng 12/2013 và 3/2014) tại 14 điểm trên sông chính (đầu nguồn, giữa nguồn và cuối nguồn) và 22 điểm trên sông nhánh, nơi chịu tác động bởi các hoạt động sản xuất nông nghiệp (nhóm TV1), nuôi trồng thủy sản-gián tiếp (nhóm TV2), nuôi trồng thủy sản-trực tiếp (nhóm TV3) và sinh hoạt của dân cư (nhóm TV4). Các chỉ tiêu thu mẫu bao gồm các thông số chất lượng nước và thành phần ĐVKXSCL. Chất lượng nước được đánh giá qua phân tích PCA và chỉ số WQI. Thành phần ĐVKXSCL được phân tích theo các chỉ số sinh học như chỉ số đa dạng Shannon-Weaver, Margalef và Shimpson và xây dựng hệ thống tính điểm trên cơ sở hệ thống BMWPVIET. Kết quả cho thấy ở hầu hết các vị trí thu mẫu độ đục và TSS vào mùa mưa cao hơn mùa khô; hàm lượng DO giữa các khu vực biến động lớn (1,76-7,96 mg/L); hàm lượng các chất dinh dưỡng (TAN, N-NO3-, TN, P-PO43-, TP) và vật chất hữu cơ (COD và TOM ) vào mùa khô cao hơn mùa mưa. Kết quả phân tích PCA cho thấy có qui luật biến động chung của một số thông số chất lượng nước ở khu vực nghiên cứu. Hàm lượng vật chất lơ lửng đạt giá trị cao vào mùa mưa, trong khi hàm lượng dinh dưỡng và vật chất hữu cơ có giá trị cao nhất vào mùa khô. Chỉ số WQI biến động tương đối lớn giữa các vị trí thu mẫu và dao động từ 17,3-61,4 tương ứng với chất lượng nước từ ô nhiễm nhẹ đến ô nhiễm nặng. Nhìn chung, chất lượng nước trên sông Hậu khá giàu dinh dưỡng, đặc biệt ở các khu vực bị ảnh hưởng bởi hoạt động nuôi trồng thủy sản và sản xuất nông nghiệp