Nhiều kết quả nghiên cứu đã chỉ ra, có nhiều đoạn DNA đặc trưng được sử dụng làm DNA mã vạch, các đoạn DNA mã vạch có thể là những đoạn DNA nằm ở trong nhân (nuclear DNA – nDNA), như: 18S, 5,6S, 26S, 5S spacer và vùng ITS; nằm ở ty thể (Mitochondrial DNA – mtDNA), như: Cytb và vùng kiểm soát (control region); nằm ở lục lạp (Chloroplast DNA – cpDNA), như: matK, rcbL, atpβ, ndnF (Gwendolyn và cộng sự, 2008). Mỗi đoạn mã vạch DNA có những đặc trưng riêng và có khả năng phân biệt sinh vật ở các mức độ khác nhau. (Gwendolyn và cộng sự, 2008). Tuy nhiên, các nhà khoa học cũng đã khuyến cáo, chưa có đoạn DNA nào được sử dụng làm mã vạch chung cho tất cả các loài sinh vật. Vì vậy, việc lựa chọn những đoạn DNA (gen) đặc trưng để làm mã vạch và việc phối hợp giữa các đoạn mã vạch DNA là rất cần thiết và đem lại hiệu quả cao (Hà Văn Huân và cộng sự, 2015).
Ở động vật, vật liệu di truyền có trong nhân và một số ít trong ty thể. Ti thể được xem như trung tâm cung cấp năng lượng của tế bào. Do ty thể nằm trong tế bào chất của giao tử cái (trứng) vì thế các gene trên DNA ty thể (mtDNA) tuân theo quy luật di truyền theo tế bào chất (Birky và cộng sự, 1989). MtDNA ít bị tác động của môi trường nên ít bị biến dị di truyền. Dựa vào những đặc điểm nêu trên, mtDNA được ứng dụng rộng rãi trong các kỹ thuật sinh học phân tử. Đặc biệt là vùng mã hóa các phân tử ribosomal RNA (16S rRNA và 12S rRNA) rất được quan tâm ứng dụng phục vụ trong công tác nghiên cứu sự phát sinh loài và định danh loài do chúng có tính bảo tồn cao và kích thước vừa phải thuận lợi cho việc phân lập, giải trình tự và phân tích trình tự vật liệu di truyền (Nguyễn Kiều Dợi, 2007).