Thanh Hóa là một trong năm tỉnh, thành phố có diện tích và dân số lớn nhất nước ta, nhưng cũng là một trong những tỉnh hứng chịu nhiều tác động nhất của thiên tai lũ, bão và hạn hán. Những năm gần đây thiên tai xảy ra nhiều hơn, với mức độ trầm trọng hơn. Ngoài các nguyên nhân khách quan do thời tiết, khí hậu, còn có những nguyên nhân chủ quan khác như khả năng dự báo mưa lũ, sự phối hợp quản lý, vận hành các hồ chứa hiện có trên lưu vực sông chưa hợp lý. Trước thực trạng đó, Chính phủ đã ban hành Quy trình vận hành liên hồ chứa Sông Mã theo Quyết định số 1911/QĐ-TTg ngày 5/11/2015 (Quy trình 1911). Quy trình đưa ra những quy định vận hành phối hợp giữa hồ Hủa Na và hồ Cửa Đạt cả mùa lũ và mùa kiệt trong đó mùa lũ có quy định phối hợp vận hành giữa 2 hồ để phòng chống lũ còn mùa kiệt chủ yếu quy định chế độ vận hành của hồ Cửa Đạt theo 5 thời kỳ từ 1/XII đến 30/VI và theo thời đoạn 10 ngày. Tuy nhiên quy trình trên mới chỉ được xây dựng dựa trên hiện trạng tài nguyên nước lưu vực sông Chu (thuộc sông Mã) mà chưa xét tới những ảnh hưởng tiêu cực của biến đổi khí hậu (BĐKH) đến hồ chứa; vấn đề dự báo phục vụ vận hành hồ mới chỉ được đề cập đến trong mùa lũ mà chưa có nghiên cứu đi kèm để hỗ trợ vận hành trong mùa kiệt. Thêm vào đó, sự phát triển dân sinh, kinh tế của tỉnh Thanh Hóa đòi hỏi nhu cầu sử dụng nước từ hồ chứa Cửa Đạt tăng (tần suất đảm bảo tưới tăng từ 75% lên 85%), yêu cầu duy trì dòng chảy tối thiểu góp phần đẩy mặn khu vực hạ du sông Mã trong Quyết định đầu tư hồ Cửa Đạt số 348/QĐ-TTg ngày 10/4/2004 của Thủ tướng Chính phủ và trong Quy trình vận hành hồ 3944 là 30,42 m3/s và trong Quy trình liên hồ chứa 1911 là 39 m3/s tại Bái Thượng. Tuy nhiên chưa có những có quy định về giới hạn đẩy mặn đến đâu, độ mặn là bao nhiêu và khả năng đáp ứng của hồ cửa Đạt.