Các bài toán đặc trưng trong tin sinh học hiện nay bao gồm:
1 Dự đoán cấu trúc protein: Bài toán này tập trung vào việc dự đoán cấu trúc bề mặt của protein, từ đó giúp hiểu rõ hơn về vai trò của protein trong các quá trình sinh học [4, 16].
2 Dự đoán cấu trúc RNA: Bài toán này tập trung vào việc dự đoán cấu trúc bậc hai của RNA, từ đó giúp hiểu rõ hơn về vai trò của RNA trong các quá trình sinh học [12, 80, 77].
3 Phát hiện gen: Bài toán này tập trung vào việc xác định vị trí của các gen trong DNA, từ đó giúp hiểu rõ hơn về vai trò của gen trong các quá trình sinh học [22, 39].
4 Phân tích dữ liệu gen: Bài toán này tập trung vào việc phân tích dữ liệu gen để hiểu rõ hơn về các đặc tính của gen, từ đó giúp hiểu rõ hơn về vai trò của gen trong các quá trình sinh học [5, 50].
5 Dự đoán tương tác protein-protein: Bài toán này tập trung vào việc dự đoán các tương tác giữa các protein, từ đó giúp hiểu rõ hơn về các quá trình sinh học liên quan đến sự tương tác giữa các protein [69, 2, 8].