Hệ thống BVQĐ ra đời từ năm 1946, trải qua hơn 70 năm phát triển, không ngừng lớn mạnh, tính đến nay, trong Quân đội có 34 BV. Cùng với sự phát triển, đổi mới không ngừng của hệ thống các BVC, các BVQĐ cũng từng bước thay đổi nhằm quản lý khoa học, chặt chẽ, hướng tới sự hài lòng của người bệnh. Giai đoạn trước khi Luật số 46/2014/QH13 ngày 13/6/2014 của Quốc hội sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật BHYT được ban hành, các BVQĐ phần lớn (29/34 BV) là các đơn vị dự toán, thực hiện nhiệm vụ thu dung cấp cứu, điều trị, KCB cho các quân nhân thuộc đơn vị đóng quân trên địa bàn theo tuyến, KCB cho các đối tượng chính sách và nhân dân, thực hiện nhiệm vụ sẵn sàng chiến đấu và các nhiệm vụ khác được giao. Kinh phí đảm bảo cho hoạt động của BVQĐ được cấp từ NSNN. Trên cơ sở Quyết định giao dự toán của Bộ trưởng BQP cho các đơn vị đầu mối trực thuộc Bộ, Cục Tài chính cấp kinh phí hoạt động cho các đơn vị, bao gồm cả hoạt động KCB cho quân nhân tại ngũ tại các BV. Sau khi chi tiêu, các BV quyết toán với đơn vị cấp trên đến BQP theo quy định của Luật NSNN