Luận án được thực hiện nhằm các mục tiêu (i) đánh giá thực trạng chăn nuôi và tính đa dạng kiểu hình của cút Nhật Bản nuôi tại 6 tỉnh ĐBSCL, (ii) xác định năng suất đẻ trứng của cút và ảnh hưởng của tuổi và khối lượng trứng đến chất lượng trứng, (iii) xác định những vị trí đa hình đơn trên các gen ứng viên và phân tích mối liên kết của chúng đối với năng suất sinh sản của cút và (iv) chọn lọc và đánh giá năng suất sinh sản của nhóm cút thế hệ tiếp theo. Tình hình chăn nuôi và đặc điểm sinh học được thực hiện bằng phương pháp điều tra. Năng suất sinh sản của cút được xác định thông qua thí nghiệm nuôi dưỡng và đa hình các gen PRL, GH (thế hệ xuất phát), MTNR-1C và BMPR- 1B (thế hệ 1) liên quan đến năng suất sinh sản được phân tích bằng phương pháp PCR-RFLP và PCR-SSCP. Kết quả điều tra cho thấy cút Nhật Bản được nuôi dưới hình thức chủ yếu là bán thâm canh với đặc điểm ngoại hình đa dạng bao gồm 7 màu lông đầu, 9 màu lông ức, 3 màu chân và 5 màu vỏ trứng. Kết quả nghiên cứu về năng suất sinh sản cho thấy, tổng số trứng thu được sau 48 tuần đẻ là 261,7 quả/mái tương đương 0,78 quả/mái/ngày. Liên quan đến chỉ tiêu chất lượng trứng, kết quả cho thấy, tuổi đẻ của cút càng cao thì chỉ số lòng trắng và lòng đỏ càng lớn. Tuy nhiên, độ đậm của màu lòng đỏ giảm dần từ tuần đẻ thứ 10 đến tuần thứ 38 (P<0,001) trong khi giá trị HU cải thiện rõ rệt đến cuối giai đoạn đẻ (87,49-88,97). Bên cạnh đó, kết quả phân tích sự liên kết giữa đa hình gen đến năng suất trứng cho thấy, năng suất trứng của cút Nhật Bản mang kiểu gen BB ở đa hình GH/MspI (267,9 quả/mái/48 tuần đẻ) và II (272,3 quả/mái/48 tuần đẻ) ở đa hình PRL/Indel-358 cao hơn so với cút mang các kiểu gen còn lại. Các cá thể mang kiểu gen II ở đa hình PRL/Indel-358 được chọn lọc và nhân thuần tạo ra quần thể cút thế hệ 1. Trên quần thể thế hệ 1, tiến hành phân tích ảnh hưởng của hai đa hình gen A290T và A27T/C ở các gen BMPR-1B và MTNR-1C đến năng suất sinh sản. Kết quả, cút với kiểu gen AA ở đa hình MTNR-1C với năng suất vượt trội với năng suất trứng, số trứng có phôi và số con nở ra lần lượt là 132,4 quả/mái/20 tuần đẻ, 113,4 quả và 109 con. Các cá thể mang kiểu gen AA tiếp tục được chọn lọc và nhân giống để tạo ra quần thể cút thế hệ 2 mang cả hai kiểu gen cho năng suất trứng cao là II và AA và tiếp tục theo dõi năng suất trứng của quần thể cút thế hệ 2 trong 20 tuần đẻ.