Tìm kiếm sự tương đồng về cấu trúc bậc ba của các protein trong cơ sở dữ liệu cấu trúc protein lớn là một bài toán phức tạp và đòi hỏi nhiều thời gian xử lý. Số lượng các cấu trúc protein được khám phá ngày càng gia tăng nhanh chóng và trong các cơ sở dữ liệu về cấu trúc protein việc lập chỉ mục cho các protein sẽ giúp thao tác tìm kiếm, so sánh cấu trúc thực hiện nhanh hơn và hiệu quả hơn.