Các dòng cacao thí nghiệm bao gồm: • 13 dòng cacao thương mại (được liệt kê ở bảng 3.1) được trồng tại vườn sưu tập giống cacao, Đại học Nông Lâm TP Hồ Chí Minh. • 8 dòng cacao CT bao gồm: CT1, CT3, CT4, CT5, CT6, CT7, CT8 và CT9 được trồng tại 2 vườn giống cacao ở tỉnh Cần Thơ. Ngoài ra còn có ba giống cacao: trồng tại vườn sưu tập giống cacao, Đại học Nông Lâm TP Hồ Chí Minh, được chọn để so sánh kết quả phân tích với Ngân hàng cacao thế giới. Cách thức lấy mẫu như sau: • Giống ở gần phòng thí nghiệm (13 dòng cacao thương mại và 3 giống AMAZ15/15, NA33 và PA107): chúng tôi lấy mẫu lá tại vườn và đem về phòng thí nghiệm để ly trích DNA ngay. Vì chúng tôi quan sát thấy lá cacao nếu lưu trữ lâu quá 24 giờ, cho dù trong tủ -20oC, sẽ xuất hiện nhiều đốm nâu trên bề mặt lá làm ảnh hưởng đến chất lượng DNA ly trích. • Giống ở xa phòng thí nghiệm (8 dòng cacao CT): mẫu lá sau khi lấy được giữ lạnh và chuyển đến phòng thí nghiệm trong vòng 24 giờ để ly trích DNA ngay. Trên mỗi cây, chúng tôi chọn các lá tươi, có màu xanh thẫm nhưng không quá già, cũng không chọn những lá non vì chúng chứa nhiều nhựa rất khó li trích, ngoài ra lá phải không có dấu hiệu bị sâu bệnh hay côn trùng tấn công. Các mẫu lá được trữ trong tủ -20oC cho đến khi tiến hành ly trích. Những cây chọn để lấy mẫu lá (mỗi giống chọn 2 cây) được cột dây nylon màu để đánh dấu.