Khi công nghiệp hóa chăn nuôi cộng với sự gia tăng mạnh mẽ về số lượng
đàn gia súc thì chất thải từ hoạt động chăn nuôi của các trang trại, gia trại đã làm
cho môi trường chăn nuôi đặc biệt là môi trường xung quanh bị ô nhiễm trầm
trọng, nó đã gây nên một làn sóng mới phản đối các trang trại chăn nuôi từ phía
người dân ở gần các trang trại. Theo báo cáo tổng kết của Viện chăn nuôi, hầu
hết các hộ chăn nuôi đều để nước thải chảy tự do ra môi trường xung quanh gây
mùi hôi thối nồng nặc, đặc biệt là vào những ngày oi bức. Nồng độ khí H2S và
NH3 cao hơn mức cho phép khoảng 30-40 lần.Tổng số VSV và bào tử nấm cũng
cao hơn mức cho phép rất nhiều lần. Ngoài ra nước thải chăn nuôi còn có chứa
coliform, e.coli, COD., và trứng giun sán cao hơn rất nhiều lần so với tiêu
chuẩn cho phép. Hiện nay với sự hội nhập quốc tế kèm với nó là sự gia tăng
những quy định về bảo vệ môi trường, ý thức ngày càng được nâng cao của
cộng đồng về các vấn đề môi trường thì vấn đề môi trường nói chung và môi
trường chăn nuôi nói riêng đã nhận được nhiều sự quan tâm của cộng đồng.
Trên thế giới môi trường chăn nuôi đã được đánh giá một cách khá toàn diện,
một trong số đó là các nghiên cứu về xử lý chất thải chăn nuôi.