Dạng vật liệu ban đầu dùng để biến nạp (phôi non, mô sẹo, cuống lá, lá mầm, mẩu lá, thân mầm, hoặc chồi Các yếu tố: kiểu gen, tuổi mô, các chất điều hoà sinh trưởng, nhiệt độ, ánh sáng. Biệt hóa là sự biến đổi của tế bào từ trạng thái tế bào phôi cho đến khi thể hiện một chức năng nào đó. Các tế bào dùng trong nuôi cấy đều đã biệt hóa về cấu trúc và chức năng từ tế bào phôi. Trong những điều kiện thích hợp, có thể làm cho những tế bào này quay trở lại trạng thái của tế bào đầu tiên đã sinh ra chúng – tế bào phôi và qúa trình đó gọi là qúa trình phản biệt hóa.