Việc thỏa thuận hợp đồng thương mại gồm hai giai đoạn là đàm phán hợp đồng và ký kết hợp đồng. Đàm phán hợp đồng là thực hiện một hoặc nhiều cuộc đối thoại, thương lượng giữa 2 bên hoặc nhiều bên có ý muốn quan hệ đối tác với nhau, nhằm tiến đến một thoả thuận chung, đáp ứng yêu cầu cá nhân hoặc yêu cầu hợp tác kinh doanh của các bên tham gia đàm phán. Ký kết hợp đồng là ký xác nhận các nội dung đã đàm phán thỏa thuận ở trên, từ đó bản hợp đồng có hiệu lực. Với Internet việc thỏa thuận hợp đồng giảm được nhiều thời gian trao đổi giữa doanh nghiệp với doanh nghiệp đối tác cũng như các khách hàng của họ. Cũng giống như thỏa thuận hợp đồng thương mại truyền thống các vấn đề đàm phán, thỏa thuận, ký kết đều phải tuân theo luật thương mại. Ngoài những vấn đề nảy sinh như trong thỏa thuận hợp đồng thông thường, thỏa thuận hợp đồng trực tuyến còn có những vấn đề khác như những vấn đề an toàn thông tin trong giao dịch: xác minh nguồn gốc giao dịch, đảm bảo bí mật, toàn vẹn thông tin thỏa thuận ký kết hợp đồng, chống chối bỏ giao dịch. Ngoài ra trong thỏa thuận hợp đồng còn có một số bài toán đặc trưng riêng, trong phần này sẽ đề cập đến.