Theo thống kê hiện nay nước ta có hơn 300 cơ sở chế biến thuỷ sản, và khoảng 220 nhà máy chuyên sản xuất các sản phẩm đông lạnh phục vụ xuất khẩu có tổng công suất 200 tấn/ngày. Thiết bị và công nghệ tuy được đánh giá là có mức đổi mới nhanh so với các ngành công nghiệp khác nhưng so với thế giới vẫn bị coi là quá chậm. Đó là một trong những nguyên nhân tạo ra những tác động xấu cho môi trường. [6] Lượng chất thải lỏng trong chế biến thuỷ sản được coi là quan trọng nhất, các nhà máy chế biến đông lạnh thường có lượng chất thải lớn hơn so với các cơ sở chế biến hàng khô, nước mắm, đồ hộp, bình quân khoảng 50.000m3/ngày. Thách thức đặt ra là tải lượng ô nhiễm do các xí nghiệp chế biến thuỷ sản gây ra là rất lớn nếu không được xử lý nó sẽ là một thành viên “tích cực” làm tăng mức độ ô nhiễm môi trường trên sông rạch và xung quanh khu chế biến. Ô nhiễm nước thải chế biến thuỷ sản nhiều khi chưa nhận ra ngay do lúc đầu kênh rạch còn khả năng pha lỏng và tự làm sạch nước với lượng thải tích tụ ngày càng nhiều thì dần dần chúng làm xấu đi nguồn nước mặt sông, rạch, ao, hồ và cuộc sống khu dân cư xung quanh. Ngoài ra nước thải của ngành chế biến còn khả năng lan truyền dịch bệnh từ xác thuỷ sản bị chết, thối rữa ., và điều đáng quan tâm nữa là gây ảnh hưởng trực tiếp đến người lao động, đến môi trường nuôi trường nuôi trồng thuỷ sản, đến sự phát triển bền vững của ngành. [6]