Hệthống Quartus II bao gồm đầy đủtất cảcông thức thông thường đểmô tả yêu cầu mạch vào trong một hệthống CAD. Người dùng có thểchỉ định yêu cầu mạch vào trong ngôn ngữmô tảphần cứng Verilog hoặc VHDL. Và cái khác là dựa trên nội dung yêu cầu mạch trong mẫu của một sơ đồbiểu đồ. Bước cuối cùng trong quá trình thiết kếcần phải cấu hình mạch thiết kếtrong thiết bịNios II thật. Mỗi mạch logic, hay mạch phụ, thiết kếbằng phần mềm Quartus II được gọi là một Project. Phần mềm làm việc trên một project tại một thời điểm và giữthông tin cho project trong một thưmục trên file hệthống. Đểbắt đầu thiết kếmột mạch logic mới, trước tiên phải tạo một thưmục đểchứa các file của nó.