Hầu hết các thuật toán (như ID3 hoặc C4.5) bắt buộccác thuộc tính mục tiêu phải là các giá trị rời rạc. 2. Khi cây quyết định sử dụng phương pháp “chia để trị”, chúng có thể thực hiện tốt nếu tồn tại một số thuộc tính liên quan chặt chẽ với nhau, nhưng sẽ khó khăn nếu một số tương tác phức tạp xuất hiện. Một trong những nguyên nhân gây ra điều này là những sự phân lớp mà có mô tả rất mạch lạc về việc phân lớp cũng có thể gặp khó khăn trong việc biểu diễn bằng cây quyết định. Một minh họa đơn giản của hiện tượng này là vấn đề tái tạo cây quyết định (Pagallo và Huassler, 1990). Khi mà hầu hết các cây quyết định phân chia không gian thể hiện thành những khu vực loại trừ lẫn nhau để biểu diễn một kháiniệm, trong một số trường hợp, cây nên chứa một vài cây con giống nhau trong thứ tự thể hiện của việc phân lớp. Ví dụ, nếu khái niệm sau mà thể hiện theohàm nhị phân: y = (A 1 ∩A 2 ) ∪(A 3 ∩A 4 ) thì cây quyết định đơn biến tối tiểu mà biểu diễnhàm này đã được biểu diễn trong phần 9.3. Lưu ý là cây có chứa 2 bản sao của cùng một cây con. 3. Các đặc tính liên quan của cây quyết định dẫn đến những khó khăn khác như là độ nhạy với tập huấn luyện, các thuộc tính không phù hợp, nhiễu. (Quinlan, 1993).