Nước thải bệnh viện là một trong những mối quan tâm, lo ngại vì chúng có thể gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng và nguy hại đến đời sống con người. Điều quan tâm hàng đầu đối với nước thải của các bệnh viện là vấn đề các vi trùng gây bệnh và thuốc kháng sinh, thuốc sát trùng. Các vi trùng gây bệnh có thể tồn tại trong một thời gian nhất định ngoài môi trường khi có cơ hội nó sẽ phát triển trên một vật chủ khác và đó chính là hiện tượng lây lan các bệnh truyền nhiễ m. Đây chính là điểm khác biệt của nước thải bệnh viện so với các loại nước thải khác. Ngoài ra, các chất kháng sinh và thuốc sát trùng xuất hiện cùng với dòng nước thải sẽ tiêu diệt các vi khuẩn có lợi và có hại gây ra s ự phá vỡ hệ cân bằng sinh thái trong hệ các vi khuẩn tự nhiên của môi trường nước thải, làm mất khả năng xử lý nước thải của vi sinh vật nói chung