Hiện nay, một số vi sinh vật gây bệnh và kí sinh trùng thường được tìm thấy trong nước thải sinh hoạt cũng như trong nước thải sau xử lí của những nhà máy xử lí nước thải. Vì vậy mà chúng ta cần nghiên cứu các tác nhân truyền nhiễm và bệnh tật mà chúng gây ra. Từ năm 1914, Sở y tế công cộng Hoa Kì chấp nhận nhóm coliform là chỉ thị của ô nhiễm phân trong nước uống. Sau đó, một số sinh vật khác đã được dùng để chỉ thị sự ô nhiễm phân, chỉ thị hiệu quả xử lí trong nhà máy xử lí nước và nước thải, sự xuống cấp và nhiễm bẩn nước trong hệ thống phân phối nước