Kể từ khi thành lập năm 1992 cho đến nay, Bảo hiểm y tế đã qua ba lần thay đổi mô hình tổ chức, trong đó hai lần trực thuộc Bộ Y tế và lần thứ ba tách ra khỏi Bộ Y tế, sáp nhập với Tổ chức Bảo hiểm xã hội Việt Nam thành một đầu mối, quản lý theo hướng tập trung, thống nhất. Kể từ khi thành lập năm 1992 cho đến nay, Bảo hiểm y tế đã qua ba lần thay đổi mô hình tổ chức, trong đó hai lần trực thuộc Bộ Y tế và lần thứ ba tách ra khỏi Bộ Y tế, sáp nhập với Tổ chức Bảo hiểm xã hội Việt Nam thành một đầu mối, quản lý theo hướng tập trung, thống nhất. Hiện có quan điểm cho rằng, cần tách Tổ chức Bảo hiểm y tế từ Tổ chức Bảo hiểm xã hội Việt Nam đưa trở về Bộ Y tế để nâng cao hiệu lực quản lý nhà nước, khắc phục tình trạng mất ổn định của Quỹ bảo hiểm y tế. Quan điểm này cần được nhìn nhận dưới góc độ khoa học trên cơ sở lý luận và thực tiễn của việc tổng kết, đánh giá hoạt động của Tổ chức Bảo hiểm y tế Việt Nam và Tổ chức Bảo hiểm xã hội Việt Nam về lĩnh vực bảo hiểm y tế từ năm 2002 đến nay.