Thủy sản là một trong những ngành kinh tế mũi nhọn của Việt Nam, nhưng hiện nay ngành thủy sản nước ta phải đối mặt với một vấn đề khó khăn rất lớn, đó là vấn đề dịch bệnh và dư lượng thuốc kháng sinh trong thủy sản và sản phẩm thủy sản. Dư lượng các thuốc kháng sinh còn tồn đọng trong thủy sản rất có hại đối với sức khỏe con người và ảnh hưởng đến nền kinh tế thị trường nước nhà. Bộ Thủy sản cho rằng do hoạt động kiểm soát dư lượng, hóa chất kháng sinh có hại đến sức khoẻ người tiêu dùng chưa được thực hiện nghiêm túc tại tất cả các công đoạn từ nuôi trồng, đánh bắt, thu mua vận chuyển nguyên liệu, đến chế biến, nên trong năm 2004 số lô hàng bị thị trường nhập khẩu phát hiện kháng sinh có hại vẫn còn cao (EU: 22 lô, Mỹ: 13 lô, Canada: 27 lô). Tình trạng trên không chỉ gây thiệt hại lớn về kinh tế cho doanh nghiệp mà còn ảnh hưởng nghiêm trọng đến uy tín chất lượng thuỷ sản Việt Nam trên thị trường thế giới. Hậu quả là Tổng vụ Bảo vệ sức khỏe người tiêu dùng EU (SANCO) đã cử Đoàn cán bộ thanh tra đến Việt Nam để kiểm tra hoạt động ngăn chặn hoá chất, kháng sinh có hại trong thủy sản ở Việt Nam trong tháng 4/2005; Cục Quản lý Thực phẩm và Dược phẩm Hoa Kỳ đã kiểm tra chương trình HACCP (Hazard Analysis Critical Control Point-Hệ thống phân tích các mối nguy cơ và điểm kiểm soát tới hạn) của các doanh nghiệp có liên quan của Việt Nam trong tháng 9/2005. TS. Nguyễn Tử Cương, Cục trưởng Cục Quản lý Chất lượng, An toàn Vệ sinh Thú y Thuỷ sản, nhận xét: “Công tác quản lý chất lượng, an toàn vệ sinh và thú y thuỷ sản đã duy trì ổn định, giải quyết kịp thời các rào cản của những thị trường xuất khẩu quan trọng như Nhật Bản, EU, Nga. Nhưng năng lực của các cơ quan địa phương còn hạn chế, chính quyền địa phương đầu tư chưa đúng mức, ngay cả ở các tỉnh trọng điểm”.