Thị trường nội tệ liên ngân hàng ra đời theo Chỉ thị 07/CT-NH1 ngày 07/10/1992 của Thống đốc Ngân hàng Nhà nước Việt Nam, cho phép các TCTD được thực hiện cho vay và đi vay lẫn nhau và chính thức hoạt động từ tháng 7/1993. Theo Quyết định số 114/QĐ-NH14 ngày 21/6/1993 ban hành Quy chế tổ chức và hoạt động của thị trường liên ngân hàng và Quyết định số 190/QĐ-NH14 ngày 06/10/1993 về việc bổ sung, sửa đổi Quy chế tổ chức và hoạt động của thị trường liên ngân hàng, thị trường nội tệ liên ngân hàng được hình thành dưới hình thức là một thị trường tập trung có tổ chức qua Ngân hàng Nhà nước (NHNN) và gắn liền với các trung tâm thanh toán bù trừ (Thành phố Hồ Chí Minh và thành phố Hà Nội) số lượng thành viên tham gia và doanh số hoạt động rất hạn chế; trong đó, những thành viên là ngân hàng thương mại Nhà nước có khả năng chi phối trên cả giác độ huy động vốn và cho vay vốn do có lợi thế về tài chính và uy tín. Từ năm 1997, hoạt động của thị trường diễn ra theo hình thức các ngân hàng trực tiếp vay mượn lẫn nhau không thực hiện thông qua NHNN. Các Ngân hàng thỏa thuận phương thức giao dịch, thời hạn, lãi suất cũng như điều kiện bảo đảm tiền vay dựa trên mức độ tín nhiệm và có sự tham gia tích cực của ngân hàng thương mại cổ phần, Ngân hàng liên doanh, chi nhánh ngân hàng nước ngoài. Đến nay, phần lớn các giao dịch liên ngân hàng được thực hiện dưới các hình thức tín chấp, bảo đảm bằng số dư tiền gửi đối ứng tại ngân hàng cho vay; thậm chí một số ngân hàng đã thực hiện quan hệ vay mượn dưới hình thức gửi tiền lẫn nhau.