Mối quan hệ giữa Chính phủ với các Bộ, Cơ quan ngang bộ(sau đây gọi chung là Bộ) xuất phát từ địa vị pháp lý của hai loại cơ quan này, một bên có thẩm quyền quản lý hành chính nhà nước chung trên các lĩnh vực- Chính phủ với một bên có thẩm quyền quản lý hành chính nhà nước trên từng lĩnh vực tùy theo sự phân công công việc và đặc thù của các bộ, cơ quan ngang bộ. Xuất phát từ yêu cầu công việc, sự quản lý trên các lĩnh vực: Chính phủ là cơ quan hành chính nhà nước cao nhất, mọi hoạt động hành pháp đều do Chính phủ thực thi do vậy, khối lượng công việc là rất lớn, để đảm bảo được hiệu quả của sự quản lý hành chính nhà nước, nên chính phủ phân chia công việc cho các Bộ, Cơ quan ngang bộ tùy theo đặc thù của các cơ quan này nhằm làm sao để thu được hiệu quả cao nhất. Để có thể được Chính phủ phân công công việc, trước hết các Bộ, Cơ quan ngang bộ sẽ được thành lập theo thủ tục do pháp luật quy định thông qua sự “đề nghị Quốc hội quyết định thành lập hoặc bãi bỏ các bộ, cơ quan ngang bộ của Thủ tướng chính phủ”. Đây là cơ sở thể hiện mối quan hệ giữa Chính phủ với Bộ, Cơ quan ngang bộ. Cụ thể, mối quan hệ đó như thế nào sau đây là phần phân tích chi tiết.