Tầng nước ngầm trên (cách mặt đất từ 25m đến 40m) – nơi người dân khai thác bằng cách đào giếng khoan đã ô nhiễm nặng ở nhiều nơi. Điển hình là xã Pháp Vân có hàm lượng Amoni là 31,6 mg/l. Phường Tương Mai có hàm lượng Amoni là 13,5 mg/l. các phường Trung Hòa, xã Tây Mỗ, xã Trung Văn, đều có hiện trạng tương tự [8]. Nguy hại hơn, mức ô nhiễm đang tăng dần theo thời gian, xã Yên Sở trong năm 2002 kết quả đo đạc cho thấy hàm lượng Amoni là 37,2 mg/l hiện nay đã tăng lên 45,2 mg/l, phường Bách Khoa mức nhiễm từ 9,4 mg/l, nay tăng lên 14,7mg/l. Có nơi chưa từng bị nhiễm amoni song nay cũng đã vượt tiêu chuẩn cho phép như Long Biên, Tây Mỗ, Đông Ngạc, hiện bản đồ nguồn nước nhiễm bẩn đã lan rộng trên toàn thành phố. Theo kết quả nghiên cứu của nhiều đề tài đã và đang thực hiện, hàm lượng Amoni trong nước của tầng Qa dao động từ vết đến 30 mg/l. Hầu hết, các khu vực đều nhiễm amôni, trong đó có các khu vực nhiễm nặng như: Pháp Vân, Định Công, Hạ Đinh, Kim Giang, Tương Mai, Bạch Mai, Bách Khoa, Kim Liên, Quỳnh Mai. Một số khu vực nhiễm nhẹ như Lương Yên, Yên Phụ, Ngô Sĩ Liên, Đồn Thủy. Ngoài ra, một số khu vực cũng đã có dấu hiệu nhiễm như Ngọc Hà, Mai Dịch. Nhìn chung, các khu vực bị nhiễm nặng amoni tập trung nhiều hơn ở khu vực phía Nam thành phố và khu Trung tâm. Cao nhất là khu vực Pháp Vân, Định Công (~ 20 mg/l), sau đó là khu vực Hạ Đình (~12mg/l), Tương Mai (~10mg/l) [2].