Độc lập xét xử được coi là nguyên tắc đầu tiên và cơ bản nhất trong tổ chức và hoạt động của Tòa án. Độc lập xét xử phải được nhìn nhận từ hai góc độ: sự không phụ thuộc của quan tòa vào các thiết chế quyền lực nhà nước, và sự không phụ thuộc của quan tòa vào bất kỳ bên tham gia tố tụng nào. Từ đó có thể thấy rằng, sự độc lập của Tòa án là điều rất khó khăn: là một thiết chế Nhà nước, Tòa án khó có thể tồn tại tách rời với các thiết chế Nhà nước khác; mặt khác, là một cá thể trong xã hội, thẩm phán khó có thể có một đời sống hoàn toàn tách rời các cá nhân khác trong cộng đồng. Vì vậy, việc ứng dụng nguyên tắc độc lập xét xử luôn gặp khó khăn trong thực tiễn. Hệ thống tư pháp ở Việt Nam cũng không nằm ngoài quy luật chung đó. Vấn đề độc lập xét xử lại có tầm quan trọng đặc biệt đối với Tòa Hành chính – bởi đối tượng xét xử rất đặc thù: công quyền. Có khá nhiều yếu tố có thể chi phối đến sự độc lập trong xét xử hành chính. Trong phạm vi bài viết, chúng tôi chỉ đề cập đến vai trò của Viện kiểm sát (VKS) trong vụ án hành chính (VAHC) và sự ảnh hưởng tới nguyên tắc độc lập xét xử của Tòa hành chính. VKS có thể can thiệp từ hai phía: với tư cách một cơ quan giám sát, và với tư cách thứ hai, rất đặc thù cho VAHC – tư cách người khởi kiện vụ án hành chính.