Những điểm còn hạn chế. Thứ nhất, pháp lệnh xử lý vi phạm hành chính đã quy định bằng cách liệt kê các chức danh có thẩm quyền xử phạt, và với mỗi chức danh cụ thể, Pháp lệnh quy định rõ hình thức, mức xử phạt và những biện pháp cưỡng chế khác mà chủ thể đó được áp dụng trong khi xử phạt vi phạm hành chính. Cách quy định này vẫn còn chưa linh hoạt để có thể theo kịp với những thay đổi về tổ chức trong các cơ quan quản lý cũng như thực tiễn của công tác đấu tranh phòng chống vi phạm hành chính.  Thực tiễn quản lý cho thấy có những đơn vị thuộc cơ quan Nhà nước thành lập hoặc chức danh trong cơ quan quản lý Nhà nước được quyết định sau thời điểm ban hành (hoặc sửa đổi) Pháp lệnh xử lý vi phạm hành chính nên không được Pháp lệnh quy định thẩm quyền xử phạt. Các chủ thể này đương nhiên không có thẩm quyền xử phạt, mặc dù do hoạt động đặc thù họ có thể là người trực tiếp phát hiện các vi phạm hành chính.  Cũng có những lĩnh vực quản lý vào thời điểm Pháp lệnh xử lý vi phạm hành chính được ban hành thì các vi phạm hành chính mới xuất hiện lẻ tẻ nên việc giới hạn thẩm quyền cho một hoặc một số cơ quan quản lý là hợp lý, nhưng sau đó các vi phạm này gia tăng với tốc độ rất nhanh, đòi hỏi phải mở rộng phạm vi thẩm quyền thì mới có thể xử lý kịp thời, song việc sửa đổi, bổ sung Pháp lệnh xử lý vi phạm hành chính lại là một quá trình phức tạp và kéo dài.  Ví dụ: Pháp lệnh xử lý vi phạm hành chính năm 1995 chưa quy định thẩm quyền xử phạt cho lực lượng cảnh sát biển, giám đốc cảng vụ hàng hải, cảng vụ thuỷ nội địa, cảng hàng không (trong đó lực lượng cảnh sát biển được thành lập sau khi Pháp lệnh 1995 ban hành). Điều nay đã được phát hiện ngay sau khi triển khai thực hiện Pháp lệnh năm 1995 nhưng phải đợi đến tận năm 2002, khi Pháp lệnh xử lý vi phạm hành chính 2002 được ban hành thì thiếu sót này mới được khắc phục. Tương tự như vậy, Pháp lệnh năm 2002 không quy định thẩm quyền xử phạt của cá nhân đứng đầu các cơ quan thuộc Bộ như cục trưởng Cục bảo vệ thực vật, Cục thú y, Cục vệ sinh và an toàn thực phẩm, Cục phòng chống tệ nạn xã hội, và Cục cảnh sát bảo vệ môi trường. Tuy với sự bổ sung của Pháp lệnh 04/2008/UBTVQH12, cục trưởng Cục cảnh sát bảo vệ môi trường đã được giao thẩm quyền xử lý vi phạm hành chính, song vẫn chưa có quy định nào về thẩm quyền xử phạt của cục trưởng các cục khác nêu trên, dù cho nhiệm vụ quản lý của các cục này liên quan đến những vấn đề có tính thời sự thu hút được sự quan tâm của Nhà nước và toàn xã hội.