Trong bộ máy chính quyền trung ương thời Lý – Trần, Hoàng đế là người nắm giữ toàn bộ vương quyền và thần quyền. Tuy nhiên, so với các triều đại trước, mức độ tập trung quyền lực của vua chưa cao tới mức chuyên chế. Mà quyền hành pháp được chuyển giao rộng rãi cho các chức vụ trung gian trong nhà nước, thường là các chức vị dưới vua như Tể tướng, Thừa tướng, Riêng thời Trần, trên vua còn có Thái thượng hoàng – tức là nhà nước được xây dựng theo thể chế lưỡng đầu, thừa nhận sự tồn tại và phân chia quyền lực giữa hai vua, vừa nhằm củng cố quyền lực nhà nước vừa đảm bảo sự ổn định ngay trong nội bộ vương triều. Theo cuốn “Lịch triều hiến chương loại chí”, bộ máy nhà nước triều Lý được xây dựng với đẳng cấp phân minh, biên chế chặt chẽ. Biểu hiện ở các chức quan cao cấp trong triều đình chia làm hai ngạch: ngạch văn và ngạch võ. Các đại thần ở ngạch văn bao gồm các chức Tam thái (Thái sư, Thái phó, Thái bảo) và Tam thiếu (Thiếu sư, Thiếu phó, Thiếu bảo) giữ trọng trách về hành pháp. Dưới hàng quan văn còn có chức Thượng thư – đứng đầu các bộ, các tả như Hữu tham tri, Hữu giám nghị Ngạch võ – đứng đầu là Tể tướng nắm giữ quyền binh, dưới Tể tướng còn có các chức vị như Thái úy, Thiếu úy và một số chức quan khác. Dưới hàng quan võ còn có Đô thống, Nguyên súy, Tổng quản Dưới thời Trần, chế độ trung ương tập quyền không những được khôi phục mà còn được tăng cường về mọi mặt. Quyền lực nhà nước được được phân chia rõ ràng thông qua các cơ quan lập pháp, hành pháp, tư pháp như Thẩm ti viện, Thẩm hình viện, Tam ti viện Bộ máy chính quyền thời Lý – Trần được xây dựng trên hình thức chính thể quân chủ quý tộc. Dựa trên nguyên tắc “liên kết dòng họ”, hoàng thân quốc thích là hậu thuẫn chính trị hùng mạnh cho quyền lực của nhà vua. Biểu hiện của nó là hầu hết các trọng trách ở bộ máy trung ương đều do tầng lớp quý tộc nắm giữ. Các hoàng tử được phong vương và được cử đi trấn trị ở các nơi trọng yếu. Quan lại các cấp phần lớn được tuyển lựa với hai phương thức chủ yếu là nhiệm cử và tuyển cử. Thể hiện ở việc quan lại trong bộ máy nhà nước phần lớn xuất thân từ tầng lớp con em quý tộc. Điều này còn được thể chế trong pháp luật dưới thời Trần Thái Tông: “Người có quan tước, con cháu được thừa ấn mới được vào làm quan; người giàu khỏe mạnh mà không có quan tước thì xung quân, đời đời làm lính”. Ngoài ra còn được thể hiện ở một số chính sách như vương hầu, tôn thất đều được trọng dụng và khuyến khích hôn nhân nội tộc vừa để củng cố sự vững chắc của vương triều vừa nhằm đảm bảo tính thuần nhất của dòng họ, bảo vệ ngôi vua được bền vững. Tóm lại, thời Lý, các quan lại đều xuất thân từ tầng lớp quý tộc; sang thời Trần, tất cả các chức vụ quan trọng trong triều cũng đều giao cho vương hầu quý tộc nhà Trần nắm giữ. Bởi vậy nhà Trần nắm khá chắc toàn bộ công việc chủ chốt trong triều, quyền lực tập trung trong tay nhà nước trung ương; chế độ quân chủ trung ương tập quyền được củng cố thêm một bước; do đó nhà nước thời Lý – Trần là nhà nước quân chủ quý tộc. Nhà nước quân chủ quý tộc Lý – Trần là mô hình nhà nước được xây dựng trên cơ sở cao nhất là nguyên tắc “liên kết dòng họ”. Cách sử dụng, bổ nhiệm quan lại của nhà nước Lý – Trần đã phản ánh rõ nét tính đẳng cấp sâu sắc, nhất là dưới thời Trần. Nguyên tắc “tôn quân quyền” chỉ được thể hiện nhưng không đậm nét bằng nguyên tắc “liên kết dòng họ” trong tổ chức bộ máy chính quyền trung ương.