Nói chung, tổ chức trong phòng thí ngiệm hóa học nằm trong một tổ chức an toàn chung của một cở sở (viện nghiên cứu, trường học hoặc cơ sở sản xuất kinh doanh). Tuy nhiên, các phòng thí nghiệm hóa học, dù được tổ chức theo chuyên ngành, đa ngành, hoặc tổng hợp (ngoài bộ phận hóa học còn có các bộ phận khác), đều có những nét đặc thù, vì vậy vấn đề tổ chức an toàn cũng phải có những đặc điểm riêng. Phải luôn coi vấn đề an toàn là một vấn đề quan trọng nhất trong hoạt động của phòng thí nghiệm. Phòng thí nghiệm hóa học phải có các chương trình hoạt động hiệu quả để ngăn ngừa các tai nạn đối với con người và thất thoát tài sản. Chương trình hoạt động về an toàn phải cụ thể, gồm:  Có các biện pháp phòng ngừa sự cố, tai nạn tại phòng thí nghiệm trong và ngoài giờ làm việc.  Để thực hiện các vấn đề này, cần phải lưu ý đến các khâu trang bị phòng hộ cá nhân và thiết bị xử lý sự cố, đề ra các quy tắc hoạt động an toàn các thiết bị thí nghiệm, tổ chức, hướng dẫn, trực quan, thực tập các kĩ thuật phòng ngừa, xử lý cứu hộ và khắc phục hậu quả của sự cố, tai nạn có thể xảy ra trong phòng thí nghiệm.  Dự trù kinh phí phục vụ công tác bảo hộ và an toàn lao động.  Kinh phí này bao gồm chi phí phục vụ, kinh phí mua sắm trang thiết bị cấp bảo hộ cá nhân (tùy theo yêu cầu của từng phòng thí nghiệm mà cá nhân có thể phải trang bị: áo blu, khẩu trang, mặt nạ và kính bảo vệ, mặt nạ phòng khí độc, giày ủng v,v, ). Quy định trách nhiệm rõ ràng:  Cũng giống như vấn đề thực hiện an toàn ở các bộ phận khác, trong thực hiện an toàn tại các phòng thí nghiệm hóa học, việc quy định trách nhiệm và quyền hạn từ cấp quản lí cao nhất của cơ sở đến người phụ trách phòng thí nghiệm và từng nhân viên (hoặc học viên) làm việc trong phòng thí nghiệm phải thật rõ rang và chi tiết.  Đối với điều kiện thực tế trong các phòng thí nghiệm hóa học ở nước ta, việc có tổ chức một đội đặc nhiệm phụ trách khâu an toàn hoặc giao cho cá nhân phụ trách từng phần việc liên quan đến an toàn của phòng thí nghiệm là tùy thuộc vào nội dung thực hiện công tác an toàn cũng như điều kiện nhân sự của từng cơ sở. Tuy nhiên việc giao việc hoặc phân công nhân sự phải cụ thể và trực tiếp. Các nhân viên được giao nhiệm vụ phải chịu trách nhiệm cao nhất về tình hình an toàn trong phạm vi mình phụ trách. Để thực hiện tốt công tác an toàn, người phụ trách phòng thí nghiệm phải luôn luôn chăm lo đến các điều kiện làm việc trong phòng thí nhiệm, trang thiết bị các phương tiện xử lí sự cố, tai nạn,v,v, Có nội dung hoạt động cụ thể. Nội dung hoạt động của một tổ chức an toàn tại một phòng thí nghiệm hóa học là:  Vấn đề quản lí nhân sự.  Vấn đề giao trách nhiệm.  Vấn đề về duy trì các điều kiện làm việc an toàn.  Vấn đề về đào tạo.  Vấn đề thống kê sự cố.  Vấn đề về hệ thống cấp cứu.  Vấn đề về trách nhiệm nhân sự của người lao động.