Chức năng chung của CNHC là chuyển những chất đầu vào ít có giá trị kinh tế thành những sản phẩm mong muốn. Sự chuyển đổi này xảy ra với hiệu suất càng gần 100% thì càng tốt. Tuy nhiên trong thực tế, luôn tồn tại một tỷ lệ nào đó những sản phẩm không mong đợi. Đó là những chất được gọi là “chất tồn dư” hoặc “cặn thải” và thông thường bị thải đi sau quá trình dưới dạng chất thải. Bên cạnh chức năng trên, CNHC trong thời đại hiện nay cũng cần tìm cách làm giảm thiểu các tác động của những chất thải vào môi trường bằng công nghệ khả thi trong thực tế. Chính chức năng này cũng là nhiệm vụ thứ hai, rất quan trọng của CNHC. Để làm được nhiệm vụ này CNHC cần đưa vấn đề quản lý chất thải thành một phần bắt buộc trong hoạt động của mình