Rừng tràm Trà Sư theo qui hoạch ban đầu trồng để khai thác gỗ kinh tế. Nhưng từ năm 1985 – 1990 đến nay, rừng Trà Sư trở thành nơi trú ngụ của rất nhiều loài chim cò. Trà Sư chưa có tên trong bất kỳ quyết định nào của Chính phủ liên quan đến hệ thống rừng đặc dụng quốc gia (Bộ NN&PTNT, 1997, Cục Kiểm lâm, 2003). Theo kết quả khảo sát của BirdLiffe International và Viện Sinh thái & Tài nguyên Sinh vật, Trà Sư được đánh giá là nơi có tầm quan trọng Quốc tế trong công tác bảo tồn đất ngập nước tại đồng bằng Sông Cửu Long. Sau đó cả hai tổ chức đã đề xuất chính quyền địa phương xây dựng khu bảo vệ tại khu vực (Buckton et al. 1999). Ngày 23/06/2003, UBND tỉnh An Giang đã đệ trình Công văn số 22/TT-UB lên Bộ NN&PTNT yêu cầu cho phép xây dựng kế hoạch đầu tư thành lập khu bảo tồn thiên nhiên tại Trà Sư. Bộ NN&PTNT sau đó đã phê duyệt theo yêu cầu của tỉnh bằng Công văn số 1609/CV-BNN-KL ngày 25/06/2003, đồng thời chỉ định Phân viện điều tra quy hoạch rừng II (Thành phố Hồ Chí Minh) chuẩn bị xây dựng kế hoạch đầu tư. Đến nay, kế hoạch đầu tư và ban quản lý vẫn chưa được xây dựng tại Trà Sư. Khu vực hiện thuộc sự quản lý của Ban Quản lý Rừng Đặc dụng và Phòng hộ tỉnh An Giang thuộc Chi cục Kiểm lâm An Giang hiện tại có 7 cán bộ đóng trụ sở tại một trạm bảo vệ rừng (Ban Quản lý Rừng Đặc dụng và Phòng hộ tỉnh An Giang, 2003).