Năm 1988, hệ thống ngân hàng chuyển đổi từ một cấp sang hai cấp. Từ đó, cùng với cơ chế quản lý mới của hệ thống ngân hàng và những nhu cầu mới trong cơ chế thị trường như tiết kiệm, đầu tư gia tăng, hệ thống ngân hàng ngày càng được mở rộng và phát triển. NHNo&PTNT Việt Nam là một trong những ngân hàng có mạng lưới chi nhánh cấp một lớn nhất được hình thành theo QĐ/27/6/1988 của Tổng giám đốc NHNo&PTNT Việt Nam trên cơ sở tách chuyển từ NHNo Thành phố nhằm đáp ứng nhu cầu huy động vốn cho đầu tư, phát triển kinh tế thủ đô, đặc biệt trong lĩnh vực No&PTNT. Chi nhánh Ngân hàng No&PTNT Đống Đa là chi nhánh của NHNo&PTNT Hà Nội được thành lập năm 2000, nhằm đáp ứng nhu cầu phát triển kinh tế trên địa bàn quận và góp phần mở rộng quy mô hoạt động của Ngân hàng thành phố, trụ sở chính đặt tại 154 Tôn Đức Thắng. Từ 01/04/2008 chi nhánh ngân hàng chuyển sang mô hình ngân hàng cấp một trực thuộc NHNo&PTNT Việt Nam, trụ sở chính đặt tại 3/37 Đê La Thành, Đống Đa, Hà Nội.