Ngày 02 tháng 3 năm 1993, Chính phủ ban hành Nghị định 13/NĐ-CP về công tác khuyến nông (bao gồm nông, lâm, ngư nghiệp). Hệ thống khuyến nông-khuyến ngư Việt nam chính thức hình thành. Ở Bộ Nông nghiệp & PTNT, Cục Khuyến nông-Khuyến lâm vừa làm nhiệm vụ quản lý nhà nước vừa làm nhiệm vụ khuyến nông về lĩnh vực trồng trọt và chăn nuôi. Ở Bộ Thuỷ sản, hoạt động khuyến ngư được giao cho Vụ Quản lý Nghề cá. Việc một đơn vị đồng thời làm nhiệm vụ quản lý nhà nước và dịch vụ công tỏ ra nhiều bất cập, cả hai nhiệm vụ đều không đáp ứng được nhu cầu và đòi hỏi ngày càng cao, phức tạp của tình hình sản xuất nông, lâm, ngư nghiệp. Chính vì vậy, ngày 18 tháng 7 năm 2003 Chính phủ ban hành Nghị định 86/NĐ-CP, cho phép tách Cục Khuyến nông-Khuyến lâm thành hai đơn vị trực thuộc Bộ Nông nghiêp & PTNT là Cục Nông nghiệp và Trung tâm Khuyến nông Quốc gia. Bộ trưởng Bộ Thuỷ sản ký Quyết định thành lập Trung tâm Khuyến ngư Trung ương trên cơ sở bộ phận khuyến ngư thuộc Vụ Quản lý Nghề cá (ngày 07 tháng 7 năm 2000). Tiếp theo, ngày 02 tháng 5 năm 2003, Thủ tướng Chính phủ ký Nghị định số 43/2003/NĐ-CP, thành lập Trung tâm Khuyến ngư Quốc gia.