Trong những năm gần đây, các vấn đề về ô nhiễm môi trường nước đang ngày càng trở nên nghiêm trọng, đòi hỏi sự quan tâm đúng mức của tất cả các ngành các cấp. Theo các báo cáo, lượng nước xét về mặt tổng lượng vẫn rất dồi dào ở nước ta; tuy nhiên nguồn nước đáp ứng yêu cầu về mặt chất lượng đặc biệt ở các hạ lưu đang ngày cang trở thành một vấn đề cấp bách cho các lưu vực sông ở Việt Nam hiện nay. Các vấn đề về chất lượng nước như ô nhiễm nước mặt, thiếu nguồn nước cho các mục đích phát triển là những điểm đang rất cần được quan tâm, xem xét. Ngoài nguồn ô nhiễm do sinh hoạt từ con người, công nghiệp và các nguồn ô nhiễm khác cũng góp phần gây ô nhiễm chính. Để phục vụ phát triển kinh tế xã hội của thành phố, trong khoảng hơn 10 năm qua, Đà Nẵng phát triển kinh tế xã hội và đô thị hóa, công nghiệp hóa nhanh, số lượng các khu công nghiệp, nhà máy, xí nghiệp tăng lên cùng với sự gia tăng dân số, làm tăng thêm áp lực đối với chất lượng nước. Phía thượng nguồn các sông Vu Gia Thu Bồn, các thủy điện lớn đã xây dựng làm cho lượng nước cung cấp về hạ lưu không ổn định như trước, Bên cạnh đó thủy điện ĐăkMi 4 chuyển dòng làm cho dòng chảy hạ lưu sông Vu Gia khu vực thành phố Đà Nẵng ngày càng cạn kiệt, Để chủ động trong việc cung cấp nước trong tương lai của thành phố, thì việc nghiên cứu khai thác bổ sung nguồn nước sông Cu Đê để phục vụ cấp nước cho sinh hoạt và công nghiệp đã và đang được thành phố quan tâm, chất lượng nước sông Cu Đê chịu ảnh hưởng lớn của khu công nghiệp Hòa Khánh, do đó việc đánh giá chất lượng nguồn nước khu vực này đang là vấn đề cấp thiết. Bên cạnh đó việc xả nước thải chưa qua xử lý làm cho chất lượng nước ngày càng ô nhiễm trầm trọng, các cuộc điều tra gần đây cho thấy hàm lượng các chất ô nhiễm trong hệ thống sông Đà Nẵng đã và đang cao hơn mức trung bình nhiều năm cũng như đã vượt giá trị cho phép, trong đó có trường hợp của lưu vực sông Cu Đê và Vu Gia Thu Bồn, đặc biệt sông Phú Lộc và Vịnh Đà Nẵng.