Toàn bộ nhà máy xử lý nước thải KCN Lê Minh Xuân được điều khiển bởi thiết bị điều khiển chương trình PLC ( programmable logic controller) được lắp đặt trong tủ điều khiển chính. Thiết bị này cho phép tái lập chương trình giúp cho việc điều khiển nhà máy xử lý linh động hơn. Với nguồn pin gắn bên trong giúp cho thiết bị nhớ những chức năng điều khiển đang hoạt động và tái khởi động hệ thống trong cùng tình trạng khi bị cúp điện trong thời gian ngắn. Nước thải từ các doanh nghiệp sau khi được xử lý cục bộ được dẫn đến 3 trạm bơm, nằm phân tán trong khuôn viên khu công nghiệp, sau đó nước thải được bơm về bể thu gom tại nhà máy xử lý tập trung có dung tích 800m3. Tiếp theo nước được dẫn qua hố thu, tại đây có lưới chắn rác kích thước lớn ( > 2.5cm) và 3 bơm chìm, hoạt động luân phiên bơm nước vào bể cân bằng. Trước khi vào bể cân bằng, nước đi qua máy tách rác kích thước song chắn 2mm, rồi qua bể tuyển nổi nhằm tách dầu mỡ. Mục đích của bể cân bằng là điều hoà lưu lượng, ổn định nồng độ cũng như hàm lượng các chất trong nước thải, bể được sục khí liên tục nhằm tránh hiện tượng lắng cặn và hạn chế sự phát triển của vi sinh kị khí. Nước thải từ bể cân bằng được bơm qua hệ thống xử lý hóa học bằng 2 bơm chìm. Do nước thải có pH trung bình 8.0-8.5 nên không cần sử dụng bể nâng pH như thiết kế ban đầu , PAC được châm vào nước thải tại bể trộn và Polymer được châm tại bể tạo bông. Nước sau khi đi qua bể tạo bông sẽ đi vào bể lắng sơ cấp, tại đây các kết tủa sẽ lắng xuống đáy bể. dưới đáy bể có gắn hệ thống cào bùn và thu gom bùn vào trung tâm của đáy bể và được 2 bơm bùn luân phiên định kỳ bơm về bể nén bùn. Nước sau khi được lắng sẽ chảy trọng lực vào ngăn phân phối và chia làm 2 dòng chảy đi vào 2 đơn nguyên của bể aerotank. Hỗn hợp nước và bùn sinh học hoạt tính sau đó được dẫn qua bể lắng thứ cấp, tại bể lắng bùn sẽ được lắng tách ra khỏi nước thải. Phần lớn bùn hoạt tính sẽ được bơm hồi lưu về 2 bể sinh học. Bùn dư được bơm về bể nén bùn. Sau đó, nước sau lắng theo đường ống trọng lực sẽ chảy về bể khử trùng, NaOCl 10% được bơm định lượng châm vào khử trùng để giảm thiểu lượng vi khuẩn coliform. Nước thải sau khi khử trùng đạt tiêu chuẩn sẽ thải ra kênh. Bùn từ bể nén bùn được bơm vào máy ép bùn, dùng bơm định lượng châm polymer cation (PC) vào ống phối trộn để giúp bùn kết vón lại, tăng hiệu quả khử nước. Bùn sau khi ép được chuyển đến bãi thải, đóng gói và được vận chuyển đến đơn vị có chuyên môn xử lý.