Ban Quản lý Khu Kinh tế tỉnh Bình Định đƣợc thành lập theo Quyết định số 591/QĐ-TTg ngày 07/5/2009 của Thủ tƣớng Chính phủ, trên cơ sở hợp nhất Ban Quản lý Khu kinh tế Nhơn Hội và Ban Quản lý các Khu công nghiệp Bình Định; ngày 09/7/2009 UBND tỉnh Bình Định đã ban hành quyết định số 493/QĐ -UBND quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hành và cơ cấu tổ chức của Ban Quản lý Khu kinh tế tỉnh Bình Định. Theo đó, Ban Quản lý Khu kinh tế tỉnh Bình Định là cơ quan trực thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh Bình Định, thực hiện chức năng quản lý nhà nƣớc trực tiếp đối với Khu kinh tế Nhơn Hội, các khu công nghiệp trên địa bàn tỉnh; quản lý và tổ chức thực hiện chức năng cung ứng dịch vụ hành chính công và dịch vụ hỗ trợ khác liên quan đến hoạt động đầu tƣ và sản xuất, kinh doanh cho nhà đầu tƣ trong Khu kinh tế Nhơn Hội, các khu công nghiệp trên địa bàn tỉnh theo quy định của pháp luật.