Sản xuất và cung ứng giống còn nhiều bất cập, mặc dù là một trong những
quốc gia sản xuất và xuất khẩu tôm lớn trên thế giới, song khả năng cung ứng tôm
giống sạch bệnh cho người nuôi của nước ta đạt thấp. Hiện nay, vẫn còn rất nhiều kẽ
hở trong việc quản lý sản xuất, kinh doanh tôm giống, sản xuất giống vẫn phụ thuộc
rất lớn vào nguồn tôm bố mẹ tự nhiên, chất lượng không đồng đều.
Quản lý môi trường, dịch bệnh trong nuôi tôm còn nhiều hạn chế, tình trạng
tôm chết ở nhiều địa phương trong những năm gần đây có nhiều nguyên nhân như
thiếu hệ thống quan trắc cảnh báo môi trường, cơ sở hạ tầng vùng nuôi chưa đảm bảo,
nhiều nơi mương cấp nước chung với nước thải; chất lượng con giống chưa đảm bảo,
không tuân thủ lịch thời vụ. đã dẫn tới lây lan dịch bệnh. Mặc dù đã có quy trình
nuôi VietGap nhưng thực tế người dân chưa áp dụng mà chỉ biết nuôi theo quy trình
của các công ty bán giống, thức ăn, chế phẩm sinh học tổ chức tập huấn tận vùng
nuôi. Các quy trình này đều hướng người nuôi đến sử dụng sản phẩm của họ càng
nhiều càng tốt nên tình trạng lạm dụng thuốc, hóa chất rất phổ biến, làm ô nhiễm môi
trường và ảnh hưởng tới chất lượng và khả năng cạnh tranh của sản phẩm.
Chưa chủ động sản xuất thức ăn và thuốc thú ý thủy sản phục vụ nhu cầu người
nuôi tôm nên chúng ta thường xuyên bị động trong sản xuất mỗi khi có biến động lớn
về giá thức ăn, thuốc và hóa chất các loại bởi vì thức ăn chiếm tới gần 80% giá thành
sản phẩm. Trong khi đó hiện nay, thị trường thức ăn nuôi tôm, thuốc và hóa chất các
loại phụ thuộc trên 80% vào các doanh nghiệp có vốn đầu tư trực tiếp nước ngoài.