Vùng ven biển là hệsinh thái nhạy cảm nhất của hành tinh, là tương lai của nghềnuôi thủy sản ven biển, đặc biệt là nuôi tôm. Cách đây nhiều năm người ta đã thấy rằng việc nuôi tôm thâm canh thiếu khoa học thì không bền vững. Việc tôm chết hàng loạt là do ảnh hưởng của điều kiện sinh thái xấu gây ra. Trong nuôi trồng thủy sản, thức ăn không ăn hết, phân và sựchuyển hóa dinh dưỡng là nguồn gốc chủyếu của sựô nhiễm nước nuôi thủy sản. Người ta đã quan sát thấy rằng trong hệthống thâm canh tôm thì chỉcó 15 – 20% thức ăn được dùng vào phát triển mô động vật, có tới 15% tổng lượng thức ăn hao hụt do không ăn hết và thất thoát, chỉcó 40 – 45% là được sửdụng trong quá trình chuyển hóa bình thường, duy trì và lột vỏ. Lượng chất thải sinh ra có liên quan với công nghệsản xuất thức ăn và hệthống nuôi tôm. Nitơvà photpho là những nguyên tốchủyếu trong chất thải bắt nguồn từthức ăn. Việc cho thức ăn quá nhiều, nước không ổn định, thức ăn dễtan, thức ăn khó hấp thu và khảnăng duy trì nitơ,. là những yếu tốliên quan với nước thải có chứa nhiều nitơvà phospho. Thức ăn thừa, chiếm tỷlệlớn (30 – 40%) của ô nhiễm nitơ. Người ta ước lượng rằng, có khoảng 63 – 78% nitơvà 76 – 80% photpho cho tôm ăn bịthất thóat vào môi trường. Các nguồn khác của chất thải hữu cơlà mảnh vụn thực vật phù du hoặc tảo dạng sợi (lab-lab) và chất lắng đọng hoặc chất hữu cơhoà tan/huyền phù. là do nước lấy vào mang theo. Chất thải nuôi thủy sản còn có chứa một ít dưlượng của các chất kháng sinh, dược phẩm, thuốc trịliệu và kích thích tố. Nước thải mang theo một lượng lớn hợp chất nitơ, photpho và các chất dinh dưỡng khác, gây nên sựphú dưỡng, kèm theo sựtăng sức sản xuất ban đầu và nởrộcủa vi khuẩn. Sựcó mặt của các hợp chất hữu cơsẽlàm giảm ôxy hoà tan và tăng BOD, COD, sulfit hydrrogen, ammoniac và hàm lượng methan trong vực nước tựnhiên. Một vấn đềkhác do việc nuôi thủy sản gây nên đó là sựlàm lắng đọng bùn ởcác vùng lân cận, nhưrừng ngập mặn và ởnhững nơi nước tù. 1 Việc sửdụng kháng sinh đã gây nên sức chống chịu thuốc ởvi sinh vật và có vết trong mô của ký chủ. Sửdụng thuốc điều trịvà hóa chất gây tác động bất lợi đối với sinh vật phù du và sinh vật đáy do ảnh hưởng độc tốsinh thái học (ecotoxic) của chúng. Sựtích tụchất hữu cơnặng đến cuối vụnuôi cũng đã gây nên sựtựô nhiễm chính trong ao, làm ảnh hưởng ngược lại đối với động vật nuôi do thiếu ôxy và tắc nghẽn cơquan hô hấp. Sựrò rỉnước thải cũng nhưnước ao nuôi làm mặn hóa đất nông nghiệp quanh vùng và nước ngầm. Chính vì những tác động trên nên việc đánh giá thực trạng ô nhiễm nước tại các khu vực nuôi thủy sản và tìm giải pháp khắc phục, xửlý đểcải thiện chất lượng nước ao nuôi và bảo vệmôi trường nước nói chung là rất cần thiết